<div dir="ltr">Dear all,<div><br><div>sorry about the worse problem description! I tried <a href="http://scikit-image.org/docs/dev/auto_examples/segmentation/plot_rag_mean_color.html#sphx-glr-auto-examples-segmentation-plot-rag-mean-color-py">this example</a> with different parameters for SLIC and graph.cut_threshold  but none of them gave me satisfying results.</div><div><br></div><div>I attached the original image, the ImageJ SRM (Q=25) output and the RAG output (segmentation.slic(img, compactness=20; n_segments=400), graph.cut_threshold(labels1, g, 10))</div><div><br></div><div>The results are quite different, obviously I am doing something wrong. My aim is to segment each leaf separately. At the moment I am using felzenszwalb, which gives me quite reasonable results. However I would like to try everything possible and therefore I would appreciate some tips.</div><div><br></div><div>Thank you for the explanation of the algorithm, that was helpful.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Stefanie </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-11-15 1:51 GMT+01:00 Juan Nunez-Iglesias <span dir="ltr"><<a href="mailto:jni.soma@gmail.com" target="_blank">jni.soma@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Hi Stefanie,</div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Sorry, these responses should all be CCd to the list, so that others can benefit from the discussion — my bad for dropping that thread. Could you please:</div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">- provide an example segmentation where skimage is doing worse than Fiji</div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">- provide the script and parameter settings for both</div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Then we can help troubleshoot. I don’t know what you mean by the results “were very strange”, for example, so it’s hard to diagnose the problem. =)</div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Starting to merge directly from pixels, as the Fiji plugin does, is expensive and can be error prone. SLIC is a fast, initial pixel merging step, from which we can merge regions according to various criteria.  With the right parameters, SLIC + RAG mean color agglomeration should give quite similar results to Fiji’s approach…</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div id="m_-5378289856703020245bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Juan.</div></font></span><div><div class="h5"> <br><p class="m_-5378289856703020245airmail_on">On 15 November 2016 at 2:39:45 am, Stefanie Lück (<a href="mailto:luecks@gmail.com" target="_blank">luecks@gmail.com</a>) wrote:</p> <blockquote type="cite" class="m_-5378289856703020245clean_bq"><span><div><div></div><div>





<div dir="ltr">Hi <span style="font-size:12.8px">Juan,</span>
<div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div>
<div><span style="font-size:12.8px">thank you for your reply! I
have seen and tested the RAG examples but I did not understand the
SLIC step and the results were very strange... Is there any
advantage? I am using SLIC anyway at the moment but
the statistical region merging of ImageJ gives me better
results.</span></div>
<div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div>
<div><span style="font-size:12.8px">Thanks</span></div>
<div><span style="font-size:12.8px">Stefanie</span></div>
<div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div>
<div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">2016-11-14 13:44 GMT+01:00 Juan
Nunez-Iglesias <span dir="ltr"><<a href="mailto:jni.soma@gmail.com" target="_blank">jni.soma@gmail.com</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
Hi Stefanie!</div>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<br></div>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
Have a look at skimage.future.graph! There are some relevant
examples in the gallery, too:</div>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<br></div>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="margin:0px"><a href="http://scikit-image.org/docs/dev/auto_examples/#segmentation-of-objects" target="_blank">http://scikit-image.org/docs/d<wbr>ev/auto_examples/#segmentation<wbr>-of-objects</a></div>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="margin:0px"><br></div>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="margin:0px">The future.graph API is still experimental (that’s why
it’s in “future”), so we really appreciate any feedback you have
about it!</div>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="margin:0px"><br></div>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_customfont" style="margin:0px">Juan.</div>
<div>
<div class="m_-5378289856703020245h5"><br>
<div id="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_sign_1479127346176364800" class="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560bloop_sign"> <br></div>
<br>
<p class="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560airmail_on">On 14 November 2016 at
8:21:12 pm, Stefanie Lück (<a href="mailto:luecks@gmail.com" target="_blank">luecks@gmail.com</a>) wrote:</p>
</div>
</div>
<blockquote type="cite" class="m_-5378289856703020245m_-5052788908612005560clean_bq">
<div>
<div>
<div>
<div class="m_-5378289856703020245h5">
<div dir="ltr"><span>Hi!</span>
<div><span><br></span></div>
<div><span>I am looking for a statistical region merging
segmentation. Is there anything like this in skimage?</span></div>
<div><span><br></span></div>
<div><span>Thanks in advance,</span></div>
<div><span>Stefanie</span></div>
</div>
</div>
</div>
<span>______________________________<wbr>_________________<br>
scikit-image mailing list<br>
<a href="mailto:scikit-image@python.org" target="_blank">scikit-image@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/scikit-image" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/scikit-image</a><br>
</span></div>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<br></div>


</div></div></span></blockquote></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>