<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 12, 2017 at 7:29 PM, Martin Fleck <span dir="ltr"><<a href="mailto:martin.fleck@uni-konstanz.de" target="_blank">martin.fleck@uni-konstanz.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello skimage users and devs,<br>
<br>
in an image analysis of mine, I use skimage.measure.label and<br>
skimage.morphology of  skimage 0.13.0 .<br></blockquote><div><br></div><div>I have no answer to your question, but if anyone more knowledgeable on skimage internals could confirm if any of these operations rely on scipy.ndimage functionality, I could try to look at potential improvements there.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
My problem my analysis uses much more memory than I expect.<br>
I attached output from the memory_profiler package, with which I tried<br>
to keep track of the memory consumption of my analysis.<br>
You can see that for an ~8MiB file that I used for testing,<br>
skimage.measure.label needs to use 56MiB of memory, which surprised me.<br>
My first question is: Am I doing something wrong here?<br>
The memory consumption is skimage.morphology.remove_<wbr>small_objects is<br>
surprisingly high, too.<br>
<br>
I want to be able to process images of several GiB on my machine.<br>
I hope I can excuse the following comparison with matlab by pointing to<br>
the similarity between skimage.measure.regionprops and matlabs regionprops:<br>
With Matlab I don't run into any memory problems on the very same machine.<br>
<br>
I would be very glad if I could continue using python for this analysis<br>
and not have to rely on matlab.<br>
Is there a way for me to reduce the memory consumption if I want to use<br>
skimage.morphology.remove_<wbr>small_objects() and<br>
skimage.measure.regionprops() for which I need the label()?<br>
<br>
Best Regards,<br>
Martin<br>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
scikit-image mailing list<br>
<a href="mailto:scikit-image@python.org">scikit-image@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/scikit-image" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/scikit-image</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">(\__/)<br>( O.o)<br>( > <) Este es Conejo. Copia a Conejo en tu firma y ayúdale en sus planes de dominación mundial.</div>
</div></div>