<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 26, 2018 at 11:11 AM, Lars G. <span dir="ltr"><<a href="mailto:lagru@mailbox.org" target="_blank">lagru@mailbox.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi,<br>
I'm trying to measure the test coverage of a Cython module. However the<br>
module in question (`scipy/signal/peak_finding_<wbr>utils.pyx`) doesn't show<br>
up in the final report.<br>
<br>
What I have tried so far:<br>
<br>
1. Added `plugins = Cython.coverage` to the `.coveragerc` file.<br>
<br>
2. Added<br>
# cython: linetrace=True<br>
# distutils: define_macros=CYTHON_TRACE_<wbr>NOGIL=1<br>
to the header of `peak_finding_utils.pyx`<br>
<br>
3. Build binaries inplace with<br>
$ python setup.py build_ext --inplace<br>
<br>
4. Measured test coverage<br>
a) with `runtests.py`<br>
$ python runtests.py -t scipy/signal/tests/test_peak_<wbr>finding --no-build<br>
--coverage<br>
<br>
b) and using the `coverage` package<br>
$ coverage run -m pytest scipy/signal/tests/test_peak_<wbr>finding.py<br>
$ coverage html<br></blockquote><div><br></div><div>The one step missing here seems to be editing .coveragerc: <br><a href="http://cython.readthedocs.io/en/latest/src/tutorial/profiling_tutorial.html?highlight=coverage#enabling-coverage-analysis">http://cython.readthedocs.io/en/latest/src/tutorial/profiling_tutorial.html?highlight=coverage#enabling-coverage-analysis</a><br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
This approach is based on this blog post:<br>
<a href="http://blog.behnel.de/posts/coverage-analysis-for-cython-modules.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://blog.behnel.de/posts/<wbr>coverage-analysis-for-cython-<wbr>modules.html</a><br>
<br>
In both cases a) and b) the PYX file sadly isn't included in the report<br>
and I don't know what to try next. Has anyone figured out a way to do<br>
this? If I've overlooked a related issue or conversation on the mailing<br>
list I apologize and would be grateful if you could point me to it.<br></blockquote><div><br></div><div>The only discussion I remember is one on the scikit-image list started by Matthew Brett to get this working; not sure if that came to anything. In general it looks like it should work, but it isn't always reliable (e.g. <a href="https://github.com/cython/cython/issues/1985">https://github.com/cython/cython/issues/1985</a>)<br><br></div><div>Ralf<br><br></div><div><br></div></div></div></div>