<div dir="ltr">Probably a more experienced contributor will also answer better, but what worked for me was to use the runtest.py script in a virtualenv:<div><a href="https://github.com/scipy/scipy/blob/master/runtests.py">https://github.com/scipy/scipy/blob/master/runtests.py</a> </div><div><br></div><div>there's good info here in the docs, look for "runtest" under "recommended dev setup"  <br></div><div><a href="https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/hacking.html">https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/hacking.html</a> <br></div><div><br></div><div>there's some more info in the numpy docs on runtest.py and recommended dev setup:</div><div><a href="https://docs.scipy.org/doc/numpy/dev/development_environment.html">https://docs.scipy.org/doc/numpy/dev/development_environment.html</a>  <br></div><div><br></div><div>If you are trying to build scipy to install or package, then you may need to change the settings in site.cfg (or setup.cfg), see the example</div><div><a href="https://github.com/scipy/scipy/blob/master/site.cfg.example">https://github.com/scipy/scipy/blob/master/site.cfg.example</a>  <br></div><div><br></div><div>I guess for Linux the INSTALL instructions are similar to the docs, but I don't think they will work with Anaconda/miniconda</div><div><a href="https://github.com/scipy/scipy/blob/master/INSTALL.rst.txt">https://github.com/scipy/scipy/blob/master/INSTALL.rst.txt</a> </div><div><br></div><div>Here's more info in the documentation:</div><div>* building from source: <a href="https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/building/index.html">https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/building/index.html</a> </div><div>* dev guide: <a href="https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/dev/index.html">https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/dev/index.html</a><br></div><div>* hacking: <a href="https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/hacking.html">https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/hacking.html</a></div><div><br></div><div>From your diagnostic messages, SciPy seems to think you are on a Windows machine instead of a Linux machine, not sure why:</div><div>><span style="white-space:pre-wrap">Warning: Can't read registry to find the necessary compiler setting</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">>Make sure that Python modules winreg, win32api or win32con are installed.</span></div><div><br></div><div>Linux doesn't have a "registry" does it? And winreg, win32api, and win32con are python bindings for Windows machines right?</div><div><br></div><div>As I said, I first created a virtualenv, activated the venv, installed the requirements (Numpy, pytest, cython, etc., see build docs), and then used runtest.py - I did not use anaconda/miniconda</div><div><br></div><div>Are you on a mac, linux, or windows machine? On mac I used homebrew, and on windows I used WSL.</div><div><a href="https://brew.sh/">https://brew.sh/</a> </div><div><a href="https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install-win10">https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install-win10</a>  <br></div><div> <br></div><div>Good luck!</div><div><br></div><div>PS: If I have given any incorrect information, I do apologize.</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Sep 10, 2019 at 5:50 PM Isabel Kaspriskie <<a href="mailto:ikaspriskie@gmail.com">ikaspriskie@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">Hello,</font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif"><br></font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">I am setting up my development environment in order to start contributing to the scipy repo. I have run into an error that I have not been able to diagnose myself. When running `python setup.py install --user`, I find the following error. The output is large, so I have only copied the end of it, but please let me know if it is acceptable to attach a text file of the output if that helps.<br></font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif"><br></font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace">...<br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace">building 'rectangular_lsap' library<br>compiling C++ sources<br>C compiler: g++ -pthread -B /home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/compiler_compat -Wl,--sysroot=/ -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -fPIC<br><br>creating build/temp.linux-x86_64-3.7/scipy/optimize/rectangular_lsap<br>compile options: '-I/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include -I/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/include/python3.7m -c'<br>g++: scipy/optimize/rectangular_lsap/rectangular_lsap.cpp<br>error: Command "g++ -pthread -B /home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/compiler_compat -Wl,--sysroot=/ -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -fPIC -I/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include -I/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/include/python3.7m -c scipy/optimize/rectangular_lsap/rectangular_lsap.cpp -o build/temp.linux-x86_64-3.7/scipy/optimize/rectangular_lsap/rectangular_lsap.o -MMD -MF build/temp.linux-x86_64-3.7/scipy/optimize/rectangular_lsap/rectangular_lsap.o.d" failed with exit status 127<font face="arial,sans-serif"><br></font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif"><br></font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif"><br></font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif"><br></font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">I have run the numpy diagnose utility, and it seems that there is a warning about being unable to read the registry to find my Fortran compiler setting.<br></font></span><pre>>>> python -c 'from numpy.f2py.diagnose import run; run()'<br><br>------<br><a href="http://os.name" target="_blank">os.name</a>='posix'<br>------<br>sys.platform='linux'<br>------<br>sys.version:<br>3.7.4 (default, Aug 13 2019, 20:35:49) <br>[GCC 7.3.0]<br>------<br>sys.prefix:<br>/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev<br>------<br>sys.path=':/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python37.zip:/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python3.7:/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python3.7/lib-dynload:/home/isabelgk/.local/lib/python3.7/site-packages:/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python3.7/site-packages'<br>------<br>Found new numpy version '1.16.4' in /home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python3.7/site-packages/numpy/__init__.py<br>Found f2py2e version '2' in /home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python3.7/site-packages/numpy/f2py/f2py2e.py<br>Found numpy.distutils version '0.4.0' in '/home/isabelgk/miniconda3/envs/scipy-dev/lib/python3.7/site-packages/numpy/distutils/__init__.py'<br>------<br>Importing numpy.distutils.fcompiler ... ok<br>------<br>Checking availability of supported Fortran compilers:<br>Warning: Can't read registry to find the necessary compiler setting<br>Make sure that Python modules winreg, win32api or win32con are installed.<br>Gnu95FCompiler instance properties:<br>  archiver        = ['/usr/bin/gfortran', '-cr']<br>  compile_switch  = '-c'<br>  compiler_f77    = ['/usr/bin/gfortran', '-Wall', '-g', '-ffixed-form', '-<br>                    fno-second-underscore', '-fPIC', '-O3', '-funroll-loops']<br>  compiler_f90    = ['/usr/bin/gfortran', '-Wall', '-g', '-fno-second-<br>                    underscore', '-fPIC', '-O3', '-funroll-loops']<br>  compiler_fix    = ['/usr/bin/gfortran', '-Wall', '-g', '-ffixed-form', '-<br>                    fno-second-underscore', '-Wall', '-g', '-fno-second-<br>                    underscore', '-fPIC', '-O3', '-funroll-loops']<br>  libraries       = ['gfortran']<br>  library_dirs    = ['/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7', '/usr/lib/gcc/x86_64<br>                    -linux-gnu/7']<br>  linker_exe      = ['/usr/bin/gfortran', '-Wall', '-Wall']<br>  linker_so       = ['/usr/bin/gfortran', '-Wall', '-g', '-Wall', '-g', '-<br>                    shared']<br>  object_switch   = '-o '<br>  ranlib          = ['/usr/bin/gfortran']<br>  version         = LooseVersion ('7')<br>  version_cmd     = ['/usr/bin/gfortran', '-dumpversion']<br>Fortran compilers found:<br>  --fcompiler=gnu95  GNU Fortran 95 compiler (7)<br>Compilers available for this platform, but not found:<br>  --fcompiler=absoft   Absoft Corp Fortran Compiler<br>  --fcompiler=compaq   Compaq Fortran Compiler<br>  --fcompiler=g95      G95 Fortran Compiler<br>  --fcompiler=gnu      GNU Fortran 77 compiler<br>  --fcompiler=intel    Intel Fortran Compiler for 32-bit apps<br>  --fcompiler=intele   Intel Fortran Compiler for Itanium apps<br>  --fcompiler=intelem  Intel Fortran Compiler for 64-bit apps<br>  --fcompiler=lahey    Lahey/Fujitsu Fortran 95 Compiler<br>  --fcompiler=nag      NAGWare Fortran 95 Compiler<br>  --fcompiler=nagfor   NAG Fortran Compiler<br>  --fcompiler=pathf95  PathScale Fortran Compiler<br>  --fcompiler=pg       Portland Group Fortran Compiler<br>  --fcompiler=vast     Pacific-Sierra Research Fortran 90 Compiler<br>Compilers not available on this platform:<br>  --fcompiler=flang     Portland Group Fortran LLVM Compiler<br>  --fcompiler=hpux      HP Fortran 90 Compiler<br>  --fcompiler=ibm       IBM XL Fortran Compiler<br>  --fcompiler=intelev   Intel Visual Fortran Compiler for Itanium apps<br>  --fcompiler=intelv    Intel Visual Fortran Compiler for 32-bit apps<br>  --fcompiler=intelvem  Intel Visual Fortran Compiler for 64-bit apps<br>  --fcompiler=mips      MIPSpro Fortran Compiler<br>  --fcompiler=none      Fake Fortran compiler<br>  --fcompiler=sun       Sun or Forte Fortran 95 Compiler<br>For compiler details, run 'config_fc --verbose' setup command.<br>------<br>Importing numpy.distutils.cpuinfo ... ok<br>------<br>CPU information: CPUInfoBase__get_nbits getNCPUs has_mmx has_sse has_sse2 has_sse3 has_ssse3 is_64bit is_Intel is_i686 ------<br><br><br></pre><pre><font face="arial,sans-serif">Thank you in advance,<br></font></pre><pre><font face="arial,sans-serif">Isabel<br></font></pre></div></div>
_______________________________________________<br>
SciPy-Dev mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-Dev@python.org" target="_blank">SciPy-Dev@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/scipy-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/scipy-dev</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div><span style="font-size:12.8px">Mark Mikofski, PhD (2005)</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px"><i>Fiat Lux</i></span><br></div></div></div></div>