<p dir="ltr">On Mar 28, 2016 14:20, "Matthew Brett" <<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com">matthew.brett@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> On Mon, Mar 28, 2016 at 1:42 PM, Matthew Brett <<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com">matthew.brett@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > I'm installing a manylinux wheel on a Debian sid machine I have.  For<br>
> > the manylinux wheel, but not a local build, I get the following error<br>
> > from `nosetests numpy.f2py`:<br>
> ><br>
> > ```<br>
> > ======================================================================<br>
> > ERROR: test_kind.TestKind.test_all<br>
> > ----------------------------------------------------------------------<br>
> > Traceback (most recent call last):<br>
> >   File "/home/mb312/dev_trees/2fd9d9a29e022c297634/manylinux-test/lib/python2.7/site-packages/nose/case.py",<br>
> > line 381, in setUp<br>
> >     try_run(self.inst, ('setup', 'setUp'))<br>
> >   File "/home/mb312/dev_trees/2fd9d9a29e022c297634/manylinux-test/lib/python2.7/site-packages/nose/util.py",<br>
> > line 471, in try_run<br>
> >     return func()<br>
> >   File "/home/mb312/dev_trees/2fd9d9a29e022c297634/manylinux-test/lib/python2.7/site-packages/numpy/f2py/tests/util.py",<br>
> > line 358, in setUp<br>
> >     module_name=self.module_name)<br>
> >   File "/home/mb312/dev_trees/2fd9d9a29e022c297634/manylinux-test/lib/python2.7/site-packages/numpy/f2py/tests/util.py",<br>
> > line 78, in wrapper<br>
> >     memo[key] = func(*a, **kw)<br>
> >   File "/home/mb312/dev_trees/2fd9d9a29e022c297634/manylinux-test/lib/python2.7/site-packages/numpy/f2py/tests/util.py",<br>
> > line 149, in build_module<br>
> >     __import__(module_name)<br>
> > ImportError: /home/mb312/dev_trees/2fd9d9a29e022c297634/manylinux-test/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/../.libs/libgfortran.so.3:<br>
> > version `GFORTRAN_1.4' not found (required by<br>
> > /tmp/tmpsFHJXE/_test_ext_module_5405.so)<br>
> > ```<br>
> ><br>
> > Anyone out there with insight as to what's going on?<br>
><br>
> I guess what might be happening, is that the built f2py module should<br>
> be linking against the system libgfortran, but in fact is finding the<br>
> shipped gfortran.</p>
<p dir="ltr">I think this diagnosis is correct, but I don't know why it would be happening. The newly compiled module should be getting loaded into a fresh ELF context and find the system gfortran. We're not adding the .libs dir to LD_LIBRARY_PATH, right? Are we somehow adding the .libs dir to the built module's rpath?</p>
<p dir="ltr">Some things to try:<br>
- run with LD_DEBUG=libs<br>
- check LD_LIBRARY_PATH<br>
- use readelf on the _test_ex_module.so to see if it has an rpath set</p>
<p dir="ltr">-n</p>