Ich habe das Gefühl, dass keiner der bisherigen Antwortenden das ticket
gelesen hat.

Wenn ich es also richtig verstehe, verwendet der pyinstaller-Importer
ein Filehandle auf das Zip-Archiv mit den zu importierenden Modulen, den
er vom Parentprocess geerbt hat.

Entweder muss also jeder Subprozess
seinen eigen Filehandle öffnen oder du musst den Filepositionpointer
durch ein Lock schützen.