i'm finding sfepy to be very interesting, but installing it on windows is very much tiresome. is there any way to make the installation one- click??? thanks.
On 06/21/11 19:33, tone....@gmail.com wrote:
i'm finding sfepy to be very interesting, but installing it on windows is very much tiresome. is there any way to make the installation one- click??? thanks.
There is not. It would be nice to have, but I do not use Windows at all, so I have no clue how a windows installer can be implemented. Any windows power-users around?
Anyway the long instructions [1] apply only if you want to use umfpack and optimized blas/lapack underhood. If you want just to try the examples, all you need is to install EPD [2] which has a GUI installer, and then run
python setup.py build_ext --inplace
in the directory where you have sfepy sources (unpacked release or a git clone).
Actually, I have found now, that the latest Python(x,y) already contains pyparsing in additional plugins, so the same instructions apply here: install Python(x,y) (all the plugins for simplicity), and the unpack sfepy and build it.
Does this help? r.
[1] http://docs.sfepy.org/doc-devel/introduction.html#running-on-windows-using-p... [2] http://www.enthought.com/products/epd.php
well, that's good news, i'll give it a try with new EBD and pythonxy and will let you know. so i think the installation tutorial needs to updated.
ok, with pythonxy, everything turns messy. so far no result except error. with EBD, setup runs after removing the following red line from setup.py -
try: setup(name = 'sfepy', maintainer = "Robert Cimrman", maintainer_email = "cimr...@ntc.zcu.cz", description = DOCLINES[0], long_description = "\n".join(DOCLINES[2:]), url = "http://sfepy.org", download_url = DOWNLOAD_URL, license = 'BSD', classifiers = filter(None, CLASSIFIERS.split('\n')), platforms = ["Linux", "Mac OS-X", 'Windows'], scripts = main_scripts, cmdclass = cmdclass, configuration = configuration) on this line,setup terminates and declares bad descriptor error. so far no successful result yet.
I will try it on a windows machine when I get to one, and try to debug the problems. Thanks for the reports!
I assume you tried the latest versions of both EPD and pythonxy, right?
r.
On Thu, 23 Jun 2011, tone....@gmail.com wrote:
ok, with pythonxy, everything turns messy. so far no result�except�error.with EBD, setup runs after removing the following red line from setup.py -
try: � � � � setup(name = 'sfepy', � � � � � � � maintainer = "Robert Cimrman", � � � � � � � maintainer_email = "cimr...@ntc.zcu.cz", � � � � � � � description = DOCLINES[0], � � � � � � � long_description = "\n".join(DOCLINES[2:]), � � � � � � � url = "http://sfepy.org", � � � � � � � download_url = DOWNLOAD_URL, � � � � � � � license = 'BSD', � � � � � � � classifiers = filter(None, CLASSIFIERS.split('\n')), � � � � � � � platforms = ["Linux", "Mac OS-X", 'Windows'], � � � � � � � scripts = main_scripts, � � � � � � � cmdclass = cmdclass, � � � � � � � configuration = configuration) on this line,setup terminates and declares bad descriptor error. so far no successful result yet.
-- You received this message because you are subscribed to the Google Groups "sfepy-devel" group. To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msg/sfepy-devel/-/03_MRctWKuQJ. To post to this group, send email to sfepy...@googlegroups.com. To unsubscribe from this group, send email to sfepy-devel...@googlegroups.com. For more options, visit this group at http://groups.google.com/group/sfepy-devel?hl=en.
yes, both the EBD and pythonxy were of latest release. is it possible to run sfepy without installation?? then how?
i think the problem is- first, i need to compile the C extension modules to run sfepy on windows. how do i do that?
Hi,
I'm going to chime in here since I originally wrote the install guide for Windows using pythonxy.
Have you installed msysgit? I recommended installing msysgit because it gets you a minimal linux-like environment on windows. Also, it includes the mingw32 C compiler.
Therefore, you should be able to run steps 1-6 from [1] (optionally skipping 4 if the pyparsing package is now available in pythonxy) and then skip to steps 16 and 17.
Notice on step 17 that we are passing the compiler option to the setup.py command. You can potentially try other compilers, but I have just used mingw32 from msysgit so far.
Hope that can get you started. Post back if you get results/stuck. :)
Logan
[1] http://docs.sfepy.org/doc-devel/introduction.html#running-on-windows-using-p...
On Fri, Jun 24, 2011 at 1:36 PM, tone....@gmail.com <tone....@gmail.com> wrote:
i think the problem is- first, i need to compile the C extension modules to run sfepy on windows. how do i do that?
-- You received this message because you are subscribed to the Google Groups "sfepy-devel" group. To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msg/sfepy-devel/-/ZaLKRacXCjQJ. To post to this group, send email to sfepy...@googlegroups.com. To unsubscribe from this group, send email to sfepy-devel...@googlegroups.com. For more options, visit this group at http://groups.google.com/group/sfepy-devel?hl=en.
ok! sfepy is running now, but its too slow. runTests.py taking forever to complete, does it mean the umfpack scikit is not installed? python itself is computing here thats why its so slow?
On Fri, Jun 24, 2011 at 12:09 PM, tone....@gmail.com <tone....@gmail.com> wrote:
ok! sfepy is running now, but its too slow. runTests.py taking forever to complete, does it mean the umfpack scikit is not installed? python itself is computing here thats why its so slow?
How long does it take to run just one test (just pick one)? So that we can see how much slower it is.
Ondrej
On Fri, 2011-06-24 at 14:47 -0400, Logan Sorenson wrote:
Hi,
I'm going to chime in here since I originally wrote the install guide for Windows using pythonxy.
Have you installed msysgit? I recommended installing msysgit because it gets you a minimal linux-like environment on windows. Also, it includes the mingw32 C compiler.
Therefore, you should be able to run steps 1-6 from [1] (optionally skipping 4 if the pyparsing package is now available in pythonxy) and then skip to steps 16 and 17.
Notice on step 17 that we are passing the compiler option to the setup.py command. You can potentially try other compilers, but I have just used mingw32 from msysgit so far.
Hope that can get you started. Post back if you get results/stuck. :)
Logan
[1] http://docs.sfepy.org/doc-devel/introduction.html#running-on-windows-using-p...
I have a windows7 partition. I followed your instructions to the letter. It worked. 57 test files in 122 sec 2 failures/87 tests.
failed tests: test_base_functions_delta test_input (after acoustics.py)
I have not looked any further as I did not want to linger in windows7 any longer than necessary :-) But looks like the failures are due to comparisons, otherwise there should have been a lot more.
Thanks for the very detailed instructions.
Osman
hey osman, can you tell me what have you used, EPD or pythonxy??
@ Ondrej- after passing 30 minutes or so, i just did a forced shut down.
On Sun, 2011-06-26 at 07:10 -0700, tone....@gmail.com wrote:
hey osman, can you tell me what have you used, EPD or pythonxy??
@ Ondrej- after passing 30 minutes or so, i just did a forced shut down.
Mine ran in 121 secs in win7 and 78 sec in linux. Win7 build does not use blas+cholmod so it is naturally slower.
Hi!
The slowness was reported to me before - without umfpack, some of the larger tests hang indefinitely in the default solver, which is superlu bundled with scipy.
Osman, you did install umfpack, right?
Thanks to others for chiming in!
r.
On 06/26/11 16:10, tone....@gmail.com wrote:
hey osman, can you tell me what have you used, EPD or pythonxy??
@ Ondrej- after passing 30 minutes or so, i just did a forced shut down.
ok, new results in. today i ran sfepy with pythonxy, without umfpack. test time 232 sec, 2 failed.
it seems there's some problem with EPD, but ok with pythonxy.
my pc is 1.8 Ghz core 2duo with 2Gb ddr2 ram.
correction with details:
<<< directory: tests, test files: 57 tests\test_assembling.py
Warning (from warnings module): File "C:\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 178 return _geometry.VolumeGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDims: use PyArray_SimpleNew.
Warning (from warnings module): File "C:\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 178 return _geometry.VolumeGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDimsAndDataAndDescr: use PyArray_NewFromDescr. +++ test_dq_de: ok +++ test_eval_matrix: ok +++ test_save_ebc: ok +++ test_surface_evaluate: ok +++ test_vector_matrix: ok tests\test_base.py +++ test_struct_add: ok +++ test_struct_i_add: ok tests\test_domain.py +++ test_facets: ok +++ test_refine: ok tests\test_elasticity_small_strain.py +++ test_get_solution: ok +++ test_linear_terms: ok tests\test_fem.py --- test_base_functions_delta: failed! +++ test_base_functions_values: ok tests\test_functions.py +++ test_ebc_functions: ok +++ test_material_functions: ok +++ test_region_functions: ok tests\test_high_level.py +++ test_solving: ok +++ test_term_arithmetics: ok +++ test_term_evaluation: ok +++ test_variables: ok tests\test_input_acoustics.py --- test_input: failed! tests\test_input_active_fibres.py +++ test_input: ok tests\test_input_biot.py +++ test_input: ok tests\test_input_biot_npbc.py
Warning (from warnings module): File "C:\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 260 return _geometry.SurfaceGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDims: use PyArray_SimpleNew.
Warning (from warnings module): File "C:\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 260 return _geometry.SurfaceGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDimsAndDataAndDescr: use PyArray_NewFromDescr. +++ test_input: ok tests\test_input_biot_npbc_lagrange.py +++ test_input: ok tests\test_input_cube.py +++ test_input: ok tests\test_input_hyperelastic.py +++ test_input: ok tests\test_input_laplace_time_ebcs.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_dynamic.py
Warning (from warnings module): File "C:\Python26\lib\site-packages\scipy\sparse\linalg\dsolve\linsolve.py", line 159 warn('splu requires CSC matrix format', SparseEfficiencyWarning) SparseEfficiencyWarning: splu requires CSC matrix format +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_mM.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_tractions.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_up.py +++ test_input: ok tests\test_input_material_nonlinearity.py +++ test_input: ok tests\test_input_navier_stokes.py +++ test_input: ok tests\test_input_octahedron.py nodes: 0% | | ETA: --:--:-- nodes: 1% | | ETA: 00:00:00 nodes: 2% | | ETA: 00:00:00 nodes: 3% |# | ETA: 00:00:00 nodes: 4% |# | ETA: 00:00:00 nodes: 5% |## | ETA: 00:00:00 nodes: 6% |## | ETA: 00:00:00 nodes: 7% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 8% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 9% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 10% |#### | ETA: 00:00:00 nodes: 11% |#### | ETA: 00:00:00 nodes: 12% |##### | ETA: 00:00:00 nodes: 13% |##### | 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tests\test_quadratures.py +++ test_quadratures: ok +++ test_weight_consistency: ok tests\test_regions.py +++ test_operators: ok +++ test_selectors: ok tests\test_semismooth_newton.py +++ test_semismooth_newton: ok tests\test_sparse.py +++ test_compose_sparse: ok tests\test_tensors.py +++ test_stress_transform: ok +++ test_tensors: ok +++ test_transform_data: ok tests\test_term_consistency.py +++ test_consistency_d_dw: ok tests\test_units.py +++ test_consistent_sets: ok +++ test_units: ok tests\test_volume.py +++ test_volume: ok 57 test file(s) executed in 214.69 s, 2 failure(s) of 87 test(s)
On Mon, 2011-06-27 at 09:55 +0200, Robert Cimrman wrote:
Hi!
The slowness was reported to me before - without umfpack, some of the larger tests hang indefinitely in the default solver, which is superlu bundled with scipy.
Osman, you did install umfpack, right?
Yes I did.
Good, so it seems you are getting the same errors as Dr. Geis... I have numpy 1.5.1 and he has 1.6.0, so maybe some rules in view/copy mechanism of arrays changed a bit, causing those errors. I will look into it.
r. PS: I am going to turn off that progress bar, as it obviously does not work properly on windows, obscuring the whole output of runTests.py.
On 06/27/11 20:47, tone....@gmail.com wrote:
correction with details:
<<< directory: tests, test files: 57 tests\test_assembling.py
Warning (from warnings module): File "C:\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 178 return _geometry.VolumeGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDims: use PyArray_SimpleNew.
Warning (from warnings module): File "C:\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 178 return _geometry.VolumeGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDimsAndDataAndDescr: use PyArray_NewFromDescr. +++ test_dq_de: ok +++ test_eval_matrix: ok +++ test_save_ebc: ok +++ test_surface_evaluate: ok +++ test_vector_matrix: ok tests\test_base.py +++ test_struct_add: ok +++ test_struct_i_add: ok tests\test_domain.py +++ test_facets: ok +++ test_refine: ok tests\test_elasticity_small_strain.py +++ test_get_solution: ok +++ test_linear_terms: ok tests\test_fem.py --- test_base_functions_delta: failed! +++ test_base_functions_values: ok tests\test_functions.py +++ test_ebc_functions: ok +++ test_material_functions: ok +++ test_region_functions: ok tests\test_high_level.py +++ test_solving: ok +++ test_term_arithmetics: ok +++ test_term_evaluation: ok +++ test_variables: ok tests\test_input_acoustics.py --- test_input: failed! tests\test_input_active_fibres.py +++ test_input: ok tests\test_input_biot.py +++ test_input: ok tests\test_input_biot_npbc.py
Warning (from warnings module): File "C:\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 260 return _geometry.SurfaceGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDims: use PyArray_SimpleNew.
Warning (from warnings module): File "C:\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 260 return _geometry.SurfaceGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDimsAndDataAndDescr: use PyArray_NewFromDescr. +++ test_input: ok tests\test_input_biot_npbc_lagrange.py +++ test_input: ok tests\test_input_cube.py +++ test_input: ok tests\test_input_hyperelastic.py +++ test_input: ok tests\test_input_laplace_time_ebcs.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_dynamic.py
Warning (from warnings module): File "C:\Python26\lib\site-packages\scipy\sparse\linalg\dsolve\linsolve.py", line 159 warn('splu requires CSC matrix format', SparseEfficiencyWarning) SparseEfficiencyWarning: splu requires CSC matrix format +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_mM.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_tractions.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_up.py +++ test_input: ok tests\test_input_material_nonlinearity.py +++ test_input: ok tests\test_input_navier_stokes.py +++ test_input: ok tests\test_input_octahedron.py nodes: 0% | | ETA: --:--:-- nodes: 1% | | ETA: 00:00:00 nodes: 2% | | ETA: 00:00:00 nodes: 3% |# | ETA: 00:00:00 nodes: 4% |# | ETA: 00:00:00 nodes: 5% |## | ETA: 00:00:00 nodes: 6% |## | ETA: 00:00:00 nodes: 7% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 8% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 9% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 10% |#### | ETA: 00:00:00 nodes: 11% |#### | ETA: 00:00:00 nodes: 12% |##### | ETA: 00:00:00 nodes: 13% |##### | 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again with EPD, 1267 sec elapsed and many failures. i think the python version is a big factor. EPD uses 2.7 while pythonxy 2.6.
<<< directory: tests, test files: 57 tests\test_assembling.py +++ test_dq_de: ok +++ test_eval_matrix: ok +++ test_save_ebc: ok +++ test_surface_evaluate: ok +++ test_vector_matrix: ok tests\test_base.py +++ test_struct_add: ok +++ test_struct_i_add: ok tests\test_domain.py +++ test_facets: ok +++ test_refine: ok tests\test_elasticity_small_strain.py --- test_get_solution: failed! +++ test_linear_terms: ok tests\test_fem.py +++ test_base_functions_delta: ok +++ test_base_functions_values: ok tests\test_functions.py +++ test_ebc_functions: ok +++ test_material_functions: ok +++ test_region_functions: ok tests\test_high_level.py --- test_solving: failed! +++ test_term_arithmetics: ok +++ test_term_evaluation: ok +++ test_variables: ok tests\test_input_acoustics.py +++ test_input: ok tests\test_input_active_fibres.py --- test_input: failed! tests\test_input_biot.py --- test_input: failed! tests\test_input_biot_npbc.py --- test_input: failed! tests\test_input_biot_npbc_lagrange.py --- test_input: failed! tests\test_input_cube.py --- test_input: failed! tests\test_input_hyperelastic.py --- test_input: failed! tests\test_input_laplace_time_ebcs.py --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic.py --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic_dynamic.py
Warning (from warnings module): File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\sparse\linalg\dsolve\linsolve.py", line 159 warn('splu requires CSC matrix format', SparseEfficiencyWarning) SparseEfficiencyWarning: splu requires CSC matrix format --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic_mM.py --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic_tractions.py --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic_up.py --- test_input: failed! tests\test_input_material_nonlinearity.py --- test_input: failed! tests\test_input_navier_stokes.py --- test_input: failed! tests\test_input_octahedron.py nodes: 0% | | ETA: --:--:-- nodes: 1% | | ETA: 00:00:00 nodes: 2% | | ETA: 00:00:00 nodes: 3% |# | ETA: 00:00:00 nodes: 4% |# | ETA: 00:00:00 nodes: 5% |## | ETA: 00:00:00 nodes: 6% |## | ETA: 00:00:00 nodes: 7% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 8% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 9% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 10% |#### | ETA: 00:00:00 nodes: 11% |#### | ETA: 00:00:00 nodes: 12% |##### | ETA: 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tests\test_projections.py +++ test_mass_matrix: ok --- test_projection_tri_quad: failed! tests\test_quadratures.py +++ test_quadratures: ok +++ test_weight_consistency: ok tests\test_regions.py +++ test_operators: ok +++ test_selectors: ok tests\test_semismooth_newton.py --- test_semismooth_newton: failed! tests\test_sparse.py +++ test_compose_sparse: ok tests\test_tensors.py +++ test_stress_transform: ok +++ test_tensors: ok +++ test_transform_data: ok tests\test_term_consistency.py +++ test_consistency_d_dw: ok tests\test_units.py +++ test_consistent_sets: ok +++ test_units: ok tests\test_volume.py +++ test_volume: ok 57 test file(s) executed in 1267.58 s, 36 failure(s) of 87 test(s)
Could you send me the output of 'runTests.py --debug' so that I can see where the tests fail?
Thanks! r.
On 06/28/11 19:36, tone....@gmail.com wrote:
again with EPD, 1267 sec elapsed and many failures. i think the python version is a big factor. EPD uses 2.7 while pythonxy 2.6.
<<< directory: tests, test files: 57 tests\test_assembling.py +++ test_dq_de: ok +++ test_eval_matrix: ok +++ test_save_ebc: ok +++ test_surface_evaluate: ok +++ test_vector_matrix: ok tests\test_base.py +++ test_struct_add: ok +++ test_struct_i_add: ok tests\test_domain.py +++ test_facets: ok +++ test_refine: ok tests\test_elasticity_small_strain.py --- test_get_solution: failed! +++ test_linear_terms: ok tests\test_fem.py +++ test_base_functions_delta: ok +++ test_base_functions_values: ok tests\test_functions.py +++ test_ebc_functions: ok +++ test_material_functions: ok +++ test_region_functions: ok tests\test_high_level.py --- test_solving: failed! +++ test_term_arithmetics: ok +++ test_term_evaluation: ok +++ test_variables: ok tests\test_input_acoustics.py +++ test_input: ok tests\test_input_active_fibres.py --- test_input: failed! tests\test_input_biot.py --- test_input: failed! tests\test_input_biot_npbc.py --- test_input: failed! tests\test_input_biot_npbc_lagrange.py --- test_input: failed! tests\test_input_cube.py --- test_input: failed! tests\test_input_hyperelastic.py --- test_input: failed! tests\test_input_laplace_time_ebcs.py --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic.py --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic_dynamic.py
Warning (from warnings module): File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\sparse\linalg\dsolve\linsolve.py", line 159 warn('splu requires CSC matrix format', SparseEfficiencyWarning) SparseEfficiencyWarning: splu requires CSC matrix format --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic_mM.py --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic_tractions.py --- test_input: failed! tests\test_input_linear_elastic_up.py --- test_input: failed! tests\test_input_material_nonlinearity.py --- test_input: failed! tests\test_input_navier_stokes.py --- test_input: failed! tests\test_input_octahedron.py nodes: 0% | | ETA: --:--:-- nodes: 1% | | ETA: 00:00:00 nodes: 2% | | ETA: 00:00:00 nodes: 3% |# | ETA: 00:00:00 nodes: 4% |# | ETA: 00:00:00 nodes: 5% |## | ETA: 00:00:00 nodes: 6% |## | ETA: 00:00:00 nodes: 7% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 8% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 9% |### | ETA: 00:00:00 nodes: 10% |#### | ETA: 00:00:00 nodes: 11% |#### | ETA: 00:00:00 nodes: 12% |##### | ETA: 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OS: MS Windows 7 Ultimate 32-bit Processor: Intel Atom N570 1.66 GHz, Cores-2, Threads-4 RAM: 2.00 GB Single-Channel DDR2
i installed umfpack. and the result is -
<<< directory: tests, test files: 57 tests\test_assembling.py
Warning (from warnings module): File "C:\src\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 178 return _geometry.VolumeGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDims: use PyArray_SimpleNew.
Warning (from warnings module): File "C:\src\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 178 return _geometry.VolumeGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDimsAndDataAndDescr: use PyArray_NewFromDescr. +++ test_dq_de: ok +++ test_eval_matrix: ok +++ test_save_ebc: ok +++ test_surface_evaluate: ok +++ test_vector_matrix: ok tests\test_base.py +++ test_struct_add: ok +++ test_struct_i_add: ok tests\test_domain.py +++ test_facets: ok +++ test_refine: ok tests\test_elasticity_small_strain.py +++ test_get_solution: ok +++ test_linear_terms: ok tests\test_fem.py --- test_base_functions_delta: failed! +++ test_base_functions_values: ok tests\test_functions.py +++ test_ebc_functions: ok +++ test_material_functions: ok +++ test_region_functions: ok tests\test_high_level.py +++ test_solving: ok +++ test_term_arithmetics: ok +++ test_term_evaluation: ok +++ test_variables: ok tests\test_input_acoustics.py --- test_input: failed! tests\test_input_active_fibres.py +++ test_input: ok tests\test_input_biot.py +++ test_input: ok tests\test_input_biot_npbc.py
Warning (from warnings module): File "C:\src\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 260 return _geometry.SurfaceGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDims: use PyArray_SimpleNew.
Warning (from warnings module): File "C:\src\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 260 return _geometry.SurfaceGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDimsAndDataAndDescr: use PyArray_NewFromDescr. +++ test_input: ok tests\test_input_biot_npbc_lagrange.py +++ test_input: ok tests\test_input_cube.py +++ test_input: ok tests\test_input_hyperelastic.py +++ test_input: ok tests\test_input_laplace_time_ebcs.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_dynamic.py
Warning (from warnings module): File "C:\Python26\lib\site-packages\scipy\sparse\linalg\dsolve\linsolve.py", line 263 warn('splu requires CSC matrix format', SparseEfficiencyWarning) SparseEfficiencyWarning: splu requires CSC matrix format +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_mM.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_tractions.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_up.py +++ test_input: ok tests\test_input_material_nonlinearity.py +++ test_input: ok tests\test_input_navier_stokes.py +++ test_input: ok tests\test_input_octahedron.py nodes: 0% | | ETA: --:--:-- nodes: 1% | | ETA: 00:00:05 nodes: 2% | | ETA: 00:00:03 nodes: 3% |# | ETA: 00:00:02 nodes: 4% |# | ETA: 00:00:02 nodes: 5% |## | ETA: 00:00:02 nodes: 6% |## | ETA: 00:00:01 nodes: 7% |### | ETA: 00:00:01 nodes: 8% |### | ETA: 00:00:01 nodes: 9% |### | ETA: 00:00:01 nodes: 10% |#### | ETA: 00:00:01 nodes: 11% |#### | ETA: 00:00:01 nodes: 12% |##### | ETA: 00:00:01 nodes: 13% |##### | 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63% |######################### | ETA: 00:00:03 elements: 64% |######################### | ETA: 00:00:03 elements: 65% |########################## | ETA: 00:00:03 elements: 66% |########################## | ETA: 00:00:03 elements: 67% |########################## | ETA: 00:00:03 elements: 68% |########################### | ETA: 00:00:03 elements: 69% |########################### | ETA: 00:00:03 elements: 70% |############################ | ETA: 00:00:03 elements: 71% |############################ | ETA: 00:00:02 elements: 72% |############################ | ETA: 00:00:02 elements: 73% |############################# | ETA: 00:00:02 elements: 74% |############################# | ETA: 00:00:02 elements: 75% |############################## | ETA: 00:00:02 elements: 76% |############################## | ETA: 00:00:02 elements: 77% |############################## | ETA: 00:00:02 elements: 78% |############################### | ETA: 00:00:02 elements: 79% |############################### | ETA: 00:00:02 elements: 80% |################################ | ETA: 00:00:02 elements: 81% |################################ | ETA: 00:00:01 elements: 82% |################################ | ETA: 00:00:01 elements: 83% |################################# | ETA: 00:00:01 elements: 84% |################################# | ETA: 00:00:01 elements: 85% |################################## | ETA: 00:00:01 elements: 86% |################################## | ETA: 00:00:01 elements: 87% |################################## | ETA: 00:00:01 elements: 88% |################################### | ETA: 00:00:01 elements: 89% |################################### | ETA: 00:00:01 elements: 90% |#################################### | ETA: 00:00:01 elements: 91% |#################################### | ETA: 00:00:00 elements: 92% |#################################### | ETA: 00:00:00 elements: 93% |##################################### | ETA: 00:00:00 elements: 94% |##################################### | ETA: 00:00:00 elements: 95% |###################################### | ETA: 00:00:00 elements: 96% |###################################### | ETA: 00:00:00 elements: 97% |###################################### | ETA: 00:00:00 elements: 98% |####################################### | ETA: 00:00:00 elements: 99% |####################################### | ETA: 00:00:00 elements: 100% |########################################| Time: 00:00:11 +++ test_read_meshes: ok +++ test_compare_same_meshes: ok +++ test_read_dimension: ok +++ test_write_read_meshes: ok tests\test_msm_laplace.py +++ test_msm_laplace: ok tests\test_msm_symbolic.py +++ test_msm_symbolic_diffusion: ok +++ test_msm_symbolic_laplace: ok tests\test_parsing.py +++ test_parse_equations: ok +++ test_parse_regions: ok tests\test_periodic_bc_2d.py +++ test_pbc: ok tests\test_periodic_bc_3d.py +++ test_pbc: ok tests\test_permutations.py +++ test_rcm: ok tests\test_projections.py +++ test_mass_matrix: ok +++ test_projection_tri_quad: ok tests\test_quadratures.py +++ test_quadratures: ok +++ test_weight_consistency: ok tests\test_regions.py +++ test_operators: ok +++ test_selectors: ok tests\test_semismooth_newton.py +++ test_semismooth_newton: ok tests\test_sparse.py +++ test_compose_sparse: ok tests\test_tensors.py +++ test_stress_transform: ok +++ test_tensors: ok +++ test_transform_data: ok tests\test_term_consistency.py +++ test_consistency_d_dw: ok tests\test_units.py +++ test_consistent_sets: ok +++ test_units: ok tests\test_volume.py +++ test_volume: ok 57 test file(s) executed in 718.53 s, 2 failure(s) of 87 test(s)
without umfpack, it takes 950+ seconds, with umfpack it takes 700+ seconds. how do i know that umfpack is working properly?? and why not we're using gotoblas2 along with umfpack????
Good, the two failures are due to numpy 1.6.0 (already fixed in the git repo). I just wonder about the time... It should take about 80 seconds on a reasonable computer (like 2.5 GHz Intel/~1GB ram).
r.
On 07/06/11 22:10, tone....@gmail.com wrote:
OS: MS Windows 7 Ultimate 32-bit Processor: Intel Atom N570 1.66 GHz, Cores-2, Threads-4 RAM: 2.00 GB Single-Channel DDR2
i installed umfpack. and the result is -
<<< directory: tests, test files: 57 tests\test_assembling.py
Warning (from warnings module): File "C:\src\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 178 return _geometry.VolumeGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDims: use PyArray_SimpleNew.
Warning (from warnings module): File "C:\src\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 178 return _geometry.VolumeGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDimsAndDataAndDescr: use PyArray_NewFromDescr. +++ test_dq_de: ok +++ test_eval_matrix: ok +++ test_save_ebc: ok +++ test_surface_evaluate: ok +++ test_vector_matrix: ok tests\test_base.py +++ test_struct_add: ok +++ test_struct_i_add: ok tests\test_domain.py +++ test_facets: ok +++ test_refine: ok tests\test_elasticity_small_strain.py +++ test_get_solution: ok +++ test_linear_terms: ok tests\test_fem.py --- test_base_functions_delta: failed! +++ test_base_functions_values: ok tests\test_functions.py +++ test_ebc_functions: ok +++ test_material_functions: ok +++ test_region_functions: ok tests\test_high_level.py +++ test_solving: ok +++ test_term_arithmetics: ok +++ test_term_evaluation: ok +++ test_variables: ok tests\test_input_acoustics.py --- test_input: failed! tests\test_input_active_fibres.py +++ test_input: ok tests\test_input_biot.py +++ test_input: ok tests\test_input_biot_npbc.py
Warning (from warnings module): File "C:\src\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 260 return _geometry.SurfaceGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDims: use PyArray_SimpleNew.
Warning (from warnings module): File "C:\src\sfepy-2011.2\sfepy\fem\extmods\geometry.py", line 260 return _geometry.SurfaceGeometry_variable(self, *args) DeprecationWarning: PyArray_FromDimsAndDataAndDescr: use PyArray_NewFromDescr. +++ test_input: ok tests\test_input_biot_npbc_lagrange.py +++ test_input: ok tests\test_input_cube.py +++ test_input: ok tests\test_input_hyperelastic.py +++ test_input: ok tests\test_input_laplace_time_ebcs.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_dynamic.py
Warning (from warnings module): File "C:\Python26\lib\site-packages\scipy\sparse\linalg\dsolve\linsolve.py", line 263 warn('splu requires CSC matrix format', SparseEfficiencyWarning) SparseEfficiencyWarning: splu requires CSC matrix format +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_mM.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_tractions.py +++ test_input: ok tests\test_input_linear_elastic_up.py +++ test_input: ok tests\test_input_material_nonlinearity.py +++ test_input: ok tests\test_input_navier_stokes.py +++ test_input: ok tests\test_input_octahedron.py +++ test_input: ok tests\test_input_perfusion_tl.py +++ test_input: ok tests\test_input_piezo.py +++ test_ebc: ok +++ test_input: ok tests\test_input_poisson.py +++ test_input: ok tests\test_input_poisson_functions.py +++ test_input: ok tests\test_input_sinbc.py +++ test_input: ok tests\test_input_stabilized_navier_stokes.py +++ test_input: ok tests\test_input_stokes.py +++ test_input: ok tests\test_input_subdomains.py +++ test_input: ok tests\test_input_time_poisson.py +++ test_input: ok tests\test_io.py +++ test_recursive_dict_hdf5: ok +++ test_sparse_matrix_hdf5: ok tests\test_laplace_unit_disk.py +++ test_boundary_fluxes: ok tests\test_laplace_unit_square.py +++ test_boundary_fluxes: ok +++ test_solution: ok tests\test_lcbc_2d.py +++ test_linear_rigid_body_bc: ok tests\test_lcbc_3d.py +++ test_linear_rigid_body_bc: ok tests\test_linalg.py +++ test_assemble1d: ok +++ test_tensors: ok +++ test_unique_rows: ok tests\test_linear_solvers.py +++ test_solvers: ok tests\test_matcoefs.py +++ test_tensors: ok tests\test_mesh_interp.py +++ test_interpolation: ok +++ test_interpolation_two_meshes: ok tests\test_meshio.py +++ test_read_meshes: ok +++ test_compare_same_meshes: ok +++ test_read_dimension: ok +++ test_write_read_meshes: ok tests\test_msm_laplace.py +++ test_msm_laplace: ok tests\test_msm_symbolic.py +++ test_msm_symbolic_diffusion: ok +++ test_msm_symbolic_laplace: ok tests\test_parsing.py +++ test_parse_equations: ok +++ test_parse_regions: ok tests\test_periodic_bc_2d.py +++ test_pbc: ok tests\test_periodic_bc_3d.py +++ test_pbc: ok tests\test_permutations.py +++ test_rcm: ok tests\test_projections.py +++ test_mass_matrix: ok +++ test_projection_tri_quad: ok tests\test_quadratures.py +++ test_quadratures: ok +++ test_weight_consistency: ok tests\test_regions.py +++ test_operators: ok +++ test_selectors: ok tests\test_semismooth_newton.py +++ test_semismooth_newton: ok tests\test_sparse.py +++ test_compose_sparse: ok tests\test_tensors.py +++ test_stress_transform: ok +++ test_tensors: ok +++ test_transform_data: ok tests\test_term_consistency.py +++ test_consistency_d_dw: ok tests\test_units.py +++ test_consistent_sets: ok +++ test_units: ok tests\test_volume.py +++ test_volume: ok 57 test file(s) executed in 718.53 s, 2 failure(s) of 87 test(s)
On 07/06/11 22:17, tone....@gmail.com wrote:
without umfpack, it takes 950+ seconds, with umfpack it takes 700+ seconds. how do i know that umfpack is working properly?? and why not we're using gotoblas2 along with umfpack????
Yes, that could be the problem. I use ATLAS and have numpy, scipy, umfpack etc. built against it. SfePy itself uses BLAS only through those packages, not directly.
I have heard that gotoblas is really good, but have no personal experience with. ATLAS should be fine as well, just anything better then the reference blas implementation numpy uses by default.
Can you post here the assmebling solution times of, for example:
./runTests.py tests/test_input_navier_stokes.py --debug
One iteration is enough, they should be similar. My times are:
sfepy: rezidual: 0.04 [s] sfepy: solve: 0.72 [s] sfepy: matrix: 0.36 [s]
r.
On 07/07/11 14:48, tone....@gmail.com wrote:
so, should i download the sfepy zip from code.google.com??
The code.google.com version is the buggy one that you already have (2011.2).
The bleeding edge version can be obtained from github - follow the latest snapshot link
* latest snapshot:
http://github.com/sfepy/sfepy/archives/masterand there choose either
"Download .tar.gz" or "Download .zip"
button under "Download Source"
The file should be named (after you save it) something like:
sfepy-sfepy-release_2011.2-41-g6494ce7.tar.gz
where the last part is coming from the last git commit hash.
r.
by the way, i built a python egg of umfpack, you can install it with easy install and avoid the trouble of compiling umfpack on windows. that way, installing sfepy on windows will be much easier. if you're interested then i can upload the package on code.google.com
On 07/07/11 15:09, tone....@gmail.com wrote:
by the way, i built a python egg of umfpack, you can install it with easy install and avoid the trouble of compiling umfpack on windows. that way, installing sfepy on windows will be much easier. if you're interested then i can upload the package on code.google.com
That would be great, thanks! Do you want me to add you among the members so that you can edit the wiki pages?
r.
oh, yes please!
On Thursday, July 7, 2011 7:11:52 PM UTC+6, Robert Cimrman wrote:
by the way, i built a python egg of umfpack, you can install it with easy install and avoid the trouble of compiling umfpack on windows. that way, installing sfepy on windows will be much easier. if you're interested
On 07/07/11 15:09, tone...@gmail.com wrote: then i
can upload the package on code.google.com
That would be great, thanks! Do you want me to add you among the members so
that you can edit the wiki pages?
r.
Done!
On 07/07/11 15:16, tone....@gmail.com wrote:
oh, yes please!
On Thursday, July 7, 2011 7:11:52 PM UTC+6, Robert Cimrman wrote:
by the way, i built a python egg of umfpack, you can install it with easy install and avoid the trouble of compiling umfpack on windows. that way, installing sfepy on windows will be much easier. if you're interested
On 07/07/11 15:09, tone...@gmail.com wrote: then i
can upload the package on code.google.com
That would be great, thanks! Do you want me to add you among the members so
that you can edit the wiki pages?
after downloading sfepy from github, i'm still having failure.
57 test file(s) executed in 518.57 s, 1 failure(s) of 87 test(s)
On 07/07/11 21:47, tone....@gmail.com wrote:
after downloading sfepy from github, i'm still having failure.
57 test file(s) executed in 518.57 s, 1 failure(s) of 87 test(s)
That's ok, I forgot I had fixed the issue in my easier_terms branch (to be merged back soon) and not in the master branch. You can ignore it, unless you are going to solve PDEs in complex numbers.
r.
On 07/08/11 10:28, tone....@gmail.com wrote:
here is the umfpack library for python
I have added a link to [1], feel free to edit it.
Thanks! r.
participants (5)
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Logan Sorenson -
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osman -
Robert Cimrman -
tone....＠gmail.com