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<body class='hmmessage'><div dir='ltr'><font size="3" face="Arial">Hello,</font><div><font size="3" face="Arial"><br></font></div><div><font size="3" face="Arial">I am new to ipython but not Linux.</font></div><div><font size="3" face="Arial"><br></font></div><div><font size="3" face="Arial"><span style="line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);">Want to use a ipython notebook for some bioinfotool,</span><br style="margin: 0px; padding: 0px; line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><span style="line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><br></span></font></div><div><span style="line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><font size="3" face="Arial">OS: Debian 7 - 64 bit</font></span></div><div><font size="3" face="Arial"><br style="margin: 0px; padding: 0px; line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><span style="line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);">Did standard installation using apt-get(instructions from ipython.org) , it works fine.</span><br style="margin: 0px; padding: 0px; line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);">System installation version: 0.13.1</font></div><div><font size="3" face="Arial"><br style="margin: 0px; padding: 0px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><span style="line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);">But the notebook has code that requires me to use ipython dev branch</span></font></div><div><br></div><div><a href="http://nbviewer.ipython.org/github/qiime/qiime/blob/1.8.0/examples/ipynb/illumina_overview_tutorial.ipynb" target="_blank">http://nbviewer.ipython.org/github/qiime/qiime/blob/1.8.0/examples/ipynb/illumina_overview_tutorial.ipynb</a></div><div>The first code block.</div><div><br></div><div><span style="font-family: Arial; font-size: 12pt; line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);">Hence did git clone of ipython repo</span><br style="margin: 0px; padding: 0px; line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><span style="font-family: Arial; font-size: 12pt; background-color: rgb(243, 247, 251); line-height: 20px;">followed by </span></div><div><span style="background-color: rgb(243, 247, 251); line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">$python setup.py build</font></span></div><div><span style="line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><font size="3" face="Arial">$python setup.py install --prefix=/home/pg/local_bin/ipython/bin</font></span></div><div><span style="line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><font size="3" face="Arial"><br></font></span></div><div><span style="line-height: 20px; background-color: rgb(243, 247, 251);"><font size="3" face="Arial">when run ipython from the installed bin folder I get,</font></span></div><div><span style="background-color: rgb(243, 247, 251);"><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">$ ./ipython</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">Traceback (most recent call last):</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">  File "./ipython", line 4, in <module></font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">    from IPython import start_ipython</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">ImportError: cannot import name start_ipython</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial"><br></font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">Now i did google the error, <br style="margin: 0px; padding: 0px;">played around with PYTHONPATH and PATH variables as suggested in posts on Stackoverflow.</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial"><br></font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">But that did not work, please suggest.</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial"><br></font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">Regards,</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">--</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">Prakhar Gaur</font></div><div style="line-height: 20px;"><font size="3" face="Arial">Senior Research Fellow</font></div><div><font size="3" face="Arial"><span style="line-height: 20px;">Indian Agricultural Research Institute, New Delhi</span></font></div><div><font size="3" face="Arial"><span style="line-height: 20px;">IN.</span></font></div><div style="line-height: 20px; font-family: 'Lucida Grande', arial, sans-serif; font-size: 12px;"><br></div><div style="line-height: 20px; font-family: 'Lucida Grande', arial, sans-serif; font-size: 12px;"><br></div></span></div>                                           </div></body>
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