<p dir="ltr"><br>
theres a tool called lancet that does stuff similar to sumatra and has been specifically developed with notebooks in mind </p>
<p dir="ltr"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24416014">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24416014</a><br></p>
<div class="gmail_quote">On 6 Apr 2014 16:06, "Maximilian Albert" <<a href="mailto:maximilian.albert@gmail.com">maximilian.albert@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi all,<br>
<br>
somewhat complementary, but it might be useful to combine some of the<br>
ideas mentioned here with tools like Sumatra [1], which might be<br>
useful for further automization and/or reproducibility. I haven't<br>
thought about this deeply, but offhand I could imagine that it would<br>
help with some of the caching issues mentioned (because the outcome of<br>
different simulation/analysis runs is stored in a database, so it<br>
would be easy to get the data or plots corresponding to a specific<br>
parameter set).<br>
<br>
Cheers,<br>
Max<br>
<br>
P.S.: If anyone knows of tools similar to Sumatra, I'd be interested<br>
to hear about them (although it may be better to devote a separate<br>
thread to this).<br>
<br>
[1] <a href="http://pythonhosted.org/Sumatra/" target="_blank">http://pythonhosted.org/Sumatra/</a><br>
<br>
2014-04-05 20:58 GMT-04:00 Fernando Perez <<a href="mailto:fperez.net@gmail.com">fperez.net@gmail.com</a>>:<br>
> On Fri, Apr 4, 2014 at 9:01 AM, Jacob Biesinger <<a href="mailto:jake.biesinger@gmail.com">jake.biesinger@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> What if we had a way to specify "report parameters", global variables you<br>
>> can modify using a widget interface (dropdown, slider, input box, etc but<br>
>> tied to multiple cells or possibly the whole notebook) and a caching<br>
>> mechanism to store notebook contents for each combination of report<br>
>> parameters? I'm imagining quickly switching the dataset for a series of<br>
>> graphs I'm looking at and having the graphs already cached for the ones I've<br>
>> looked at, or having the report run for any new combinations.<br>
><br>
><br>
> Paul Ivanov might chime in soon, he and I discussed this a while back and I<br>
> think he might even have some prototype code that could be a useful starting<br>
> point.<br>
><br>
> This is both a really important problem, and one that I think a lot of<br>
> progress can be made on before we need to think about changes in IPython<br>
> itself.<br>
><br>
> The direction Paul and I were considering was to annotate a cell with<br>
> metadata indicating that it contains parameters, and then have something<br>
> like runipy create new copies of the notebook varying each parameter over<br>
> the specified range.  I actually think it's better, for now, to explicitly<br>
> create copies of all notebooks, so it's a little easier to simply open one<br>
> and look at it. I would have the tool simply dump the 'children' notebooks<br>
> with names that make them all easy to later remove/clean up. But that makes<br>
> it possible to simply open any one of them and inspect it, re-execute it<br>
> manually with further tweaks, etc.<br>
><br>
> And, it's the simplest thing that can possibly work, before thinking too<br>
> hard about building new GUIs or anything else. All you need is:<br>
><br>
> - a note in the cell metadata.<br>
> - some markup syntax to specify in the cell the parameter ranges you want.<br>
> - a wrapper script that uses something like runipy and loops over the lot.<br>
><br>
> That's what I'd do *first*, until I understood the use cases and problems<br>
> better...  And the nice thing is that you can do all that today, without<br>
> needing anything new whatsoever from upstream or having to mess with the<br>
> code in IPython itself.<br>
><br>
> Cheers,<br>
><br>
> f<br>
><br>
><br>
> --<br>
> Fernando Perez (@fperez_org; <a href="http://fperez.org" target="_blank">http://fperez.org</a>)<br>
> fperez.net-at-gmail: mailing lists only (I ignore this when swamped!)<br>
> fernando.perez-at-berkeley: contact me here for any direct mail<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> IPython-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:IPython-dev@scipy.org">IPython-dev@scipy.org</a><br>
> <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/ipython-dev" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/ipython-dev</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
IPython-dev mailing list<br>
<a href="mailto:IPython-dev@scipy.org">IPython-dev@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/ipython-dev" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/ipython-dev</a><br>
</blockquote></div>