<div id="_htmlarea_default_style_" style="font:10pt arial,helvetica,sans-serif">Thank you for the suggesting subprocess with nbconvert, I'm using the
technique with subprocess.pOpen so that I can supply a some local environment variables, e.g. <br><br>subprocess.Popen('ipython nbconvert --execute
--to notebook --output out.ipynb  in.ipynb',    env=localEnv)<br><br>My remaining problem is execution timeout.   execute.py
(in https://github.com/ipython/ipython/blob/master/IPython/nbconvert/preprocessors/execute.py) defines a default maximum cell execution time of 30
seconds, some of my cells take much longer than that to execute (a few minutes).  I can work around this by editing the timeout in my local copy
of execute.py, but it would be nice to do this programmatically.  Am I missing some obvious method of overriding the
timeout?<br><br>Thanks,<br>Carl Haugan<br><br><br><br>Begin forwarded message:<br><br>> From: Ana Nelson <ana@ananelson.com><br>> Subject:
Re: [IPython-dev] running/getting output into a <br>>new programmatically-generated notebook<br>> Date: March 18, 2015 12:15:02 PM CDT<br>>
To: IPython developers list <ipython-dev@scipy.org><br>> Reply-To: IPython developers list <ipython-dev@scipy.org><br>> <br>>
Yes, thanks. Prefer a builtin tool so it stays in sync. <br>>runipy doesn't seem to be nbformat v4 compatible (at this <br>>time).<br>>
<br>> Currently calling it like this:<br>> <br>>        
subprocess.check_output([<br>>            
'ipython',<br>>             'nbconvert',<br>>            
'--execute',<br>>             '--to',
'notebook',<br>>             '--output',
nbPath,<br>>             nbPath<br>>            
])<br>> <br>> <br>> <br>> On Wed, Mar 18, 2015 at 10:03 AM, Thomas Kluyver <br>><takowl@gmail.com> wrote:<br>> Nbconvert now
includes an execute preprocessor which <br>>executes a notebook, recording the outputs back into that <br>>notebook. This is based on runipy,
which Zoltán mentioned, <br>>and you can use it either from Python code or at the <br>>command line (ipython nbconvert --execute ...).<br>>
<br>> https://github.com/ipython/ipython/blob/master/IPython/nbconvert/preprocessors/execute.py<br>>
<br>....<br></div>