<div dir="ltr">In latex, you could utilize the \nocite{} feature. I've done this on certain occasions.<br><b><br>Including references that are not cited in the paper.</b>
Bibtex builds the bibliography from the references that are actually
cited in the paper. Including references without corresponding
citations is generally a bad idea, but it may be warranted in
special situations.
To include a reference that is not cited in the paper, but which
has a record in the bibtex database, add the command 
<code>\nocite{xxx}</code> at the end of the paper, just before the
bibliography; here "xxx" is the key for the paper to be cited. 
The command <code>\nocite{*}</code> causes all items in the database
to be included in the references, regardless of whether or not 
they are cited
in the paper.

<br><br><a href="http://www.math.uiuc.edu/~hildebr/tex/bibliographies0.html">http://www.math.uiuc.edu/~hildebr/tex/bibliographies0.html</a><br><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 16, 2016 at 4:26 PM, Jody Klymak <span dir="ltr"><<a href="mailto:jklymak@uvic.ca" target="_blank">jklymak@uvic.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div><br></div>Hi Ben,<div><br></div><div><div><span class=""><blockquote type="cite"><div>On 16 Feb 2016, at  12:30 PM, Benjamin Root <<a href="mailto:ben.v.root@gmail.com" target="_blank">ben.v.root@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Duncan,<br><br></div>You do bring up a very good point. With large projects like yours, it does become difficult to explicitly cite every single piece of software that was used, and how far does that go? For example, do you cite BLAS/ATLAS if you were using numpy? A citation for Linux? For gcc?<br></div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div></span><div>OK, so I have a data paper, where does a citation go?  the software stack is *rarely* cited at all, unless the software author has made available a paper that uses a specialized technique that a reader would have trouble finding themselves.  i.e. "the data was filtered with the Smith filter [Smith ’89]".</div><div><br></div><div>There is rarely a statement in a paper that says “Figure X was plotted with Matlab”, “Figure y was plotted with GMT” and "Figure z was plotted with matplotlib”.  </div><div><br></div><div>Suggestions welcome - I value matplotlib, and don’t want to take advantage, but the request is a bit awkward to fulfill.</div><div><br></div><div>Cheers,   Jody</div><div><div class="h5"><div><br></div><div><br></div><br><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div>Rock on!<br><br></div>Ben Root<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 16, 2016 at 3:02 PM, Duncan Macleod <span dir="ltr"><<a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ben, all,<div><br></div><div>You are correct, we haven't been very diligent in citing the software used in our results, mainly from the problem of having a very large software stack; everything from real-time interferometer operations and low-latency data analysis through detection characterisation and myriad offline analysis pipelines use hundreds of packages (C, C++, python, matlab, ROOT, ... on multiple OSs) which becomes hard to cite.</div><div><br></div><div>I will, however, bring the subject up in the collaboration to try and collect citations from software so that we can get in the habit of providing proper references. Thanks for bringing this to our attention.</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div><br></div><div>Duncan</div></font></span></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 16 February 2016 at 13:00, Benjamin Root <span dir="ltr"><<a href="mailto:ben.v.root@gmail.com" target="_blank">ben.v.root@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Speaking of citations, while we have your ear...<br><br></div>Some of us have noticed that the paper did not include any citations to the scientific software that were utilized. This is somewhat of a new thing to cite software, but matplotlib, numpy and other projects all have suggested citations that we encourage researchers to use in their papers. Many of us are also researchers, and contributions to projects like numpy and matplotlib are often not treated as being on the same level as any other publication because researchers rarely cite the software projects they use.<br><br><a href="http://matplotlib.org/citing.html" target="_blank">http://matplotlib.org/citing.html</a><br><br></div><div>No hard feelings, we love what you guys have done. Just flagging it so that you guys might do so in future papers.<br><br></div>Cheers!<br></div>Ben Root<br></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 16, 2016 at 1:54 PM, Duncan Macleod <span dir="ltr"><<a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I'm a member of the LIGO Scientific Collaboration, and an author on the PRL paper linked by Nils. Figure 1 did indeed use matplotlib, as did all of the graphs in this paper (not the detector layout).</div><div><br></div><div>The paper is 'open-access' with a Creative Commons Attribution 3.0 License attached, so I believe the figures can be freely included in other documents as long as credits are given to the authors and the journal with an appropriate citation. It would be very nice to see this included as an example of using matplotlib for scientific analysis.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks</div><div>D</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On 14 February 2016 at 07:52, Nils Becker <span dir="ltr"><<a href="mailto:nilsc.becker@gmail.com" target="_blank">nilsc.becker@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hello everyone,<br><br></div>as the direct observation of gravitational waves made its way round the world a few days ago, I was pleased to see that they (very probably) used matplotlib for their plots. They even used the new viridis colormap [1].<br></div>I could not confirm this directly for the plots in the paper but at least the data analysis stack at LIGO seems to be built partly on python. They provide scripts to reproduce the data analysis in python and use matplotlib to plot it [2].<br><br></div>In any case, maybe it's an idea to contact LIGO to confirm this and ask them if we could put the figure on the website gallery as a kind of "plot of honor" or something? I mean there is a chance that it's going to be the most famous plot done in matplotlib to this date.<br><br></div>Cheers<br></div>Nils<br><div><div><div><div><br>[1] <a href="http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.116.061102" target="_blank">http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.116.061102</a> (page 2)<br>[2] <a href="https://losc.ligo.org/software/" target="_blank">https://losc.ligo.org/software/</a><br></div></div></div></div></div>
<br></div></div><span>_______________________________________________<br>
Matplotlib-users mailing list<br>
<a href="mailto:Matplotlib-users@python.org" target="_blank">Matplotlib-users@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users</a><br>
<br></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Duncan Macleod<br><a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a><div>LIGO Data Grid systems development</div><div>Louisiana State University</div></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Matplotlib-users mailing list<br>
<a href="mailto:Matplotlib-users@python.org" target="_blank">Matplotlib-users@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Duncan Macleod<br><a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a><div>LIGO Data Grid systems development</div><div>Louisiana State University</div></div></div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
_______________________________________________<br>Matplotlib-users mailing list<br><a href="mailto:Matplotlib-users@python.org" target="_blank">Matplotlib-users@python.org</a><br><a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users</a><br></div></blockquote></div></div></div><br><div>
<span style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;line-height:normal"><div style="word-wrap:break-word"><span style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:'Lucida Sans Typewriter';font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div>--</div><div>Jody Klymak    </div><div><a href="http://web.uvic.ca/~jklymak/" target="_blank">http://web.uvic.ca/~jklymak/</a></div><div><br></div><div><br></div><br></span></div></span><br>
</div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>
Matplotlib-users mailing list<br>
<a href="mailto:Matplotlib-users@python.org">Matplotlib-users@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>