<div dir="ltr">Hi Ben,<div><br></div><div>Thanks for your input, I hope we can get quickly to the point where papers with a smaller scope can cite the top-level software that enabled their research (for methods papers, etc), but it might take a bit longer to get the same for the full collaboration papers that have huge stacks underneath.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks</div><div>D</div><div><br></div><div>On 16 February 2016 at 14:30, Benjamin Root <span dir="ltr"><<a href="mailto:ben.v.root@gmail.com" target="_blank">ben.v.root@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Duncan,<br><br></div>You do bring up a very good point. With large projects like yours, it does become difficult to explicitly cite every single piece of software that was used, and how far does that go? For example, do you cite BLAS/ATLAS if you were using numpy? A citation for Linux? For gcc?<br><br></div>Probably the best way to deal with that is to treat it like a dependency problem. When a paper is published, cite the software that was immediately used for the paper and/or any papers that have already been put out for a particular portion of the software stack. So, ideally, several LIGO papers would have already been put out about particular portions of the technical stack that goes into great detail, and would have cited software more exhaustively there. Then, this particular paper would only need to cite those kinds of papers rather than redoing the entire citation stack again and again. The software packages get their impact factor, and the authors and reader maintain their sanity.<br><br></div>Yes, this is a bit of a chicken-n-egg problem because many editors frown upon "software papers". I personally had a paper rejected once partly because the editor thought I was shirking my authorship duties of describing the procedures by footnoting a github link and citing NumPy/SciPy and such. I am hopeful that these attitudes are changing, even in the past few years since I submitted that paper. Your team's work is in a fantastic position to broadly change these attitudes due to your visibility across the sciences. Already, your efforts to make the source code and data easily accessible has stunned many scientists who are not used to this level of openness. I work in an atmospheric research shop, and long-time researchers are just amazed by how easy it was to "run the simulation" themselves via the jupyter notebooks! Being atmospheric scientists, they never thought that they could possibly study anything astrophysics related with just a click of a link.<br><br></div>Rock on!<br><br></div>Ben Root<br><br></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 16, 2016 at 3:02 PM, Duncan Macleod <span dir="ltr"><<a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ben, all,<div><br></div><div>You are correct, we haven't been very diligent in citing the software used in our results, mainly from the problem of having a very large software stack; everything from real-time interferometer operations and low-latency data analysis through detection characterisation and myriad offline analysis pipelines use hundreds of packages (C, C++, python, matlab, ROOT, ... on multiple OSs) which becomes hard to cite.</div><div><br></div><div>I will, however, bring the subject up in the collaboration to try and collect citations from software so that we can get in the habit of providing proper references. Thanks for bringing this to our attention.</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div><br></div><div>Duncan</div></font></span></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 16 February 2016 at 13:00, Benjamin Root <span dir="ltr"><<a href="mailto:ben.v.root@gmail.com" target="_blank">ben.v.root@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Speaking of citations, while we have your ear...<br><br></div>Some of us have noticed that the paper did not include any citations to the scientific software that were utilized. This is somewhat of a new thing to cite software, but matplotlib, numpy and other projects all have suggested citations that we encourage researchers to use in their papers. Many of us are also researchers, and contributions to projects like numpy and matplotlib are often not treated as being on the same level as any other publication because researchers rarely cite the software projects they use.<br><br><a href="http://matplotlib.org/citing.html" target="_blank">http://matplotlib.org/citing.html</a><br><br></div><div>No hard feelings, we love what you guys have done. Just flagging it so that you guys might do so in future papers.<br><br></div>Cheers!<br></div>Ben Root<br></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 16, 2016 at 1:54 PM, Duncan Macleod <span dir="ltr"><<a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I'm a member of the LIGO Scientific Collaboration, and an author on the PRL paper linked by Nils. Figure 1 did indeed use matplotlib, as did all of the graphs in this paper (not the detector layout).</div><div><br></div><div>The paper is 'open-access' with a¬†Creative Commons Attribution 3.0 License attached, so I believe the figures can be freely included in other documents as long as credits are given to the authors and the journal with an appropriate citation. It would be very nice to see this included as an example of using matplotlib for scientific analysis.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks</div><div>D</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On 14 February 2016 at 07:52, Nils Becker <span dir="ltr"><<a href="mailto:nilsc.becker@gmail.com" target="_blank">nilsc.becker@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hello everyone,<br><br></div>as the direct observation of gravitational waves made its way round the world a few days ago, I was pleased to see that they (very probably) used matplotlib for their plots. They even used the new viridis colormap [1].<br></div>I could not confirm this directly for the plots in the paper but at least the data analysis stack at LIGO seems to be built partly on python. They provide scripts to reproduce the data analysis in python and use matplotlib to plot it [2].<br><br></div>In any case, maybe it's an idea to contact LIGO to confirm this and ask them if we could put the figure on the website gallery as a kind of "plot of honor" or something? I mean there is a chance that it's going to be the most famous plot done in matplotlib to this date.<br><br></div>Cheers<br></div>Nils<br><div><div><div><div><br>[1] <a href="http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.116.061102" target="_blank">http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.116.061102</a> (page 2)<br>[2] <a href="https://losc.ligo.org/software/" target="_blank">https://losc.ligo.org/software/</a><br></div></div></div></div></div>
<br></div></div><span>_______________________________________________<br>
Matplotlib-users mailing list<br>
<a href="mailto:Matplotlib-users@python.org" target="_blank">Matplotlib-users@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users</a><br>
<br></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Duncan Macleod<br><a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a><div>LIGO Data Grid systems development</div><div>Louisiana State University</div></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Matplotlib-users mailing list<br>
<a href="mailto:Matplotlib-users@python.org" target="_blank">Matplotlib-users@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Duncan Macleod<br><a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a><div>LIGO Data Grid systems development</div><div>Louisiana State University</div></div></div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Duncan Macleod<br><a href="mailto:duncan.macleod@ligo.org" target="_blank">duncan.macleod@ligo.org</a><div>LIGO Data Grid systems development</div><div>Louisiana State University</div></div></div>
</div></div>