<div dir="ltr"><div><div><div>another take:<br><br></div>rebuild of the font cache -<br></div>recreated ~/.cache/matplotlib<br></div>ran :<br> more ./main.py <br>import matplotlib<br>import matplotlib.pyplot as plt<br><br>print(matplotlib.rcParams['backend'])<br><br>plt.plot([1,2,3],[5,7,4])<br>plt.show(block=False)<br># plt.show()<br>[az@hp src]$ <br>[az@hp src]$ <br>[az@hp src]$ python3.5 main.py <br>/usr/lib64/python3.5/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.<br>  warnings.warn('Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.')<br>/usr/lib64/python3.5/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.<br>  warnings.warn('Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.')<br>TkAgg<br><br><div><div><div><hanging><br><br></div><div>the content of the ~/.cache/matplotlib:<br>[az@hp matplotlib]$ pwd<br>/home/az/.cache/matplotlib<br>[az@hp matplotlib]$ ls -l<br>total 44<br>-rw-rw-r--. 1 az az 39870 Nov  8 18:00 fontList.py3k.cache<br>drwxrwxr-x. 2 az az  4096 Nov  8 18:00 tex.cache<br><br><br></div><div>btw, when i run "fc-list" i see fonts only from /usr/share.  Is this expected ?<br></div><div><br><br><br><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 8, 2017 at 5:43 PM, Andrew Z <span dir="ltr"><<a href="mailto:formisc@gmail.com" target="_blank">formisc@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>i'll take a look @ conda. Thank you.<br><br></div>Meanwhile. i resolved the problem with "missing" plot, backend packages from matplot in pycharm - the /usr/lib64/python3.5 was absent from the pycharm's config. <br></div>now i don't have any warnings from from pycharm - "what a charm!" (sorry, couldn't resists) . But the example still won't work.<br><br></div>// another Tito's shot maybe due...<br><br><br></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 8, 2017 at 5:00 PM, Jody Klymak <span dir="ltr"><<a href="mailto:jklymak@uvic.ca" target="_blank">jklymak@uvic.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><a href="https://conda.io/docs/index.html" target="_blank">https://conda.io/docs/index.ht<wbr>ml</a><div><div class="m_6415283482670339108h5"><div><br></div><div><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On 8 Nov 2017, at  13:53 PM, Andrew Z <<a href="mailto:formisc@gmail.com" target="_blank">formisc@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div>Jody,<br></div> what do i need to use ? i've been using either dnf or pip3 depending on the situation ( if i want to install in to user's env - > pip3 ir system wide - dnf ).<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 8, 2017 at 4:50 PM, Jody Klymak <span dir="ltr"><<a href="mailto:jklymak@uvic.ca" target="_blank">jklymak@uvic.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Andrew, <div><br></div><div>Can I *strongly* suggest you just use anaconda, unless you have some compelling reason not to?  </div><div><br></div><div>It takes care of most of these packaging headaches.  I guess I’m ignorant about pycharm, but I’m pretty sure people use it w/ pycharm.</div><div><br></div><div>Cheers,   Jody<div><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005h5"><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On 8 Nov 2017, at  13:41 PM, Andrew Z <<a href="mailto:formisc@gmail.com" target="_blank">formisc@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div><div>I tried PyQT5 with the same unhappy results:<br><br></div><div>First, i  verified that pyqt5 works - <br></div><div> <br></div><div>PyQt5 (5.9.1)                     - Python bindings for the Qt cross platform UI and application toolkit<br>  INSTALLED: 5.9<br>  LATEST:    5.9.1<br><br>ran <a href="http://www.thehackeruniversity.com/2014/01/23/pyqt5-beginner-tutorial/" target="_blank">http://www.thehackeruniversity<wbr>.com/2014/01/23/pyqt5-beginner<wbr>-tutorial/</a> -  exampled worked with no issues. Everything got resolved in pycharm.<br></div><div><br>next installed the matplot backend:<br>   python3-matplotlib-qt5.x86_64<br><br></div><div></div>ran examples from here <a href="https://pythonspot.com/en/pyqt5-matplotlib/" target="_blank">https://pythonspot.com/en/pyqt<wbr>5-matplotlib/</a> - and it hanged.<br></div>pycharm is complaining about :<br><pre style="background-color:rgb(248,248,255);font-family:"DejaVu Sans Mono";font-size:9.8pt"><span style="font-weight:bold">from </span>matplotlib.backends.backend_qt<wbr>5agg <span style="font-weight:bold">import </span>FigureCanvasQTAgg <span style="font-weight:bold">as </span>FigureCanvas<br><span style="font-weight:bold">from </span>matplotlib.figure <span style="font-weight:bold">import </span>Figure<br><span style="font-weight:bold">import </span>matplotlib.pyplot <span style="font-weight:bold">as </span>plt<br></pre><div>"can not find reference 'backends' in __init__.py'<br></div><div>' unresolved reference backend_qt5agg'<br></div><div>'cant reference 'figure' '<br></div><div>'no module named pyplot'<br><br></div><div><br><br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 6, 2017 at 6:33 PM, Andrew Z <span dir="ltr"><<a href="mailto:formisc@gmail.com" target="_blank">formisc@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>this is what i have installed:<br>[az@hp src]$ rpm -qa | grep tkint<br>python3-tkinter-3.5.3-6.fc24.x<wbr>86_64<br>tkinter-2.7.13-2.fc24.x86_64<br>[az@hp src]$ <br><br><br>[az@hp src]$ pip3 list | grep tk<br>DEPRECATION: The default format will switch to columns in the future. You can use --format=(legacy|columns) (or define a format=(legacy|columns) in your pip.conf under the [list] section) to disable this warning.<br><br><br>rpm -qa | grep matplot<br>python-matplotlib-data-fonts-1<wbr>.5.2-0.1.rc2.fc24.noarch<br>python3-matplotlib-1.5.2-0.1.r<wbr>c2.fc24.x86_64<br>python3-matplotlib-tk-1.5.2-0.<wbr>1.rc2.fc24.x86_64<br>python-matplotlib-data-1.5.2-0<wbr>.1.rc2.fc24.noarch<br><br></div>basically i removed the pip3 installed matplot and felt back to rpm provided in hope to have that config working.<br><br></div>Copy/paste from <a href="https://matplotlib.org/gallery/pyplots/pyplot_simple.html#sphx-glr-gallery-pyplots-pyplot-simple-py" target="_blank">https://matplotlib.org/gallery<wbr>/pyplots/pyplot_simple.html#sp<wbr>hx-glr-gallery-pyplots-pyplot-<wbr>simple-py</a><br>[az@hp src]$ which python3.5<br>/usr/bin/python3.5<br>[az@hp src]$ file /usr/bin/python3.5<br>/usr/bin/python3.5: ELF 64-bit LSB shared object, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, interpreter /lib64/ld-linux-x86-64.so.2, for GNU/Linux 2.6.32, BuildID[sha1]=cc90b759ab34ba10<wbr>43b3a96779f17eba4c0baf7a, stripped<br>[az@hp src]$ <br><span>[az@hp src]$ python3.5<br>Python 3.5.3 (default, May 11 2017, 09:10:41) <br>[GCC 6.3.1 20161221 (Red Hat 6.3.1-1)] on linux<br>Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.<br></span>>>> import matplotlib.pyplot as plt<br>>>> plt.plot([1,2,3,4])<br></div><hangs with one core 100% busy><br>Terminated<br>[az@hp src]$ <br>[az@hp src]$ <br><span>[az@hp src]$ python3.5<br>Python 3.5.3 (default, May 11 2017, 09:10:41) <br>[GCC 6.3.1 20161221 (Red Hat 6.3.1-1)] on linux<br>Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.<br></span>>>> import matplotlib.pyplot as plt<br>>>> import matplotlib<br>>>> matplotlib.get_backend()<br>'TkAgg'<br>>>> exit<br>Use exit() or Ctrl-D (i.e. EOF) to exit<br><br></div>removing TKagg from config:<br>[az@hp src]$ find / -name matplotlibrc* 2>>/dev/null<br>/etc/matplotlibrc<br>[az@hp src]$ grep -v ^# /etc/matplotlibrc<br>backend      : TkAgg<br><div><br>changing to Agg and running the same code:<span><br><br>[az@hp src]$ python3.5<br>Python 3.5.3 (default, May 11 2017, 09:10:41) <br>[GCC 6.3.1 20161221 (Red Hat 6.3.1-1)] on linux<br>Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.<br>>>> import matplotlib<br></span>>>> matplotlib.get_backend()<br>'agg'<br>>>> import matplotlib.pyplot as plt<br>>>> plt.ylabel('some numbers')<br>^C^Z<br>[1]+  Stopped                 python3.5<span><br><br>[az@hp src]$ python3.5<br>Python 3.5.3 (default, May 11 2017, 09:10:41) <br>[GCC 6.3.1 20161221 (Red Hat 6.3.1-1)] on linux<br>Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.<br></span>>>> import matplotlib.pyplot as plt<br>>>> plt.plot([1,2,3,4])<br></div><div><Hangs><br><br></div><div>I'll stop making any changes to the env now, since i don't want to bring any confusion into the matter.<br></div><div>thank you for helping out!<br><br></div><div><br><br><br><br></div><div><br><div><div><div><br></div></div></div></div></div><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855HOEnZb"><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 6, 2017 at 4:48 PM, Andrew Z <span dir="ltr"><<a href="mailto:formisc@gmail.com" target="_blank">formisc@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><div style="font-family:sans-serif;font-size:13.696px" dir="auto"><div><span><div>>backend in your matplotlibrc file to "agg" and it still hung on you?</div><div dir="auto"><br></div></span><div dir="auto">Yes. I can confirm that</div><div dir="auto"><br></div>>Some possibilities are<br><span style="font-size:13.696px">>...."matplotlib.py" or "pylab.py" or some such, and then start to wonder why their code doesn't work properly.</span></div><br></div><div style="font-family:sans-serif;font-size:13.696px" dir="auto">I used pycharms "scratch files" and typed directly in the interpreter- always same result. I saw this naming issue whileresearching my problem. My file is plot.py and works perfectly fine on any other machine but this.(drives me mad, honestly). Directory is /home/az/work/nja/src. Also consistent across machines (minus username)</div><span><div style="font-family:sans-serif;font-size:13.696px" dir="auto"><br></div><div style="font-family:sans-serif;font-size:13.696px" dir="auto"><span style="font-size:13.696px">>Have you looked to see if there are other programs that are running during the import stage? </span><br></div><div style="font-family:sans-serif;font-size:13.696px" dir="auto"><span style="font-size:13.696px"><br></span></div></span><div style="font-family:sans-serif;font-size:13.696px" dir="auto"><span style="font-size:13.696px">Im not sure what do you mean?</span></div></div><div dir="auto">I have a xwindow terminal , nothing but Firefox is up.(well a tons of regular background processes).</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div></div><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698HOEnZb"><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Nov 6, 2017 16:18, "Benjamin Root" <<a href="mailto:ben.v.root@gmail.com" target="_blank">ben.v.root@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Just to make absolutely clear, you set the default backend in your matplotlibrc file to "agg" and it still hung on you? If that is the case, then the problem isn't tkinter.<br><br></div>Some possibilities are<br><br>1) a massive font database that matplotlib is trying to build a cache for<br></div>2) import of matplotlib from somewhere else unexpected (which would explain pycharm's behavior), and that file/module is misbehaving. We have seen instances in the past where users would name their plotting porting of their code "matplotlib.py" or "pylab.py" or some such, and then start to wonder why their code doesn't work properly.<br><br></div>Have you looked to see if there are other programs that are running during the import stage? One thing matplotlib does for the first import is to create a font cache, and it does this by using some fc-list program, iirc. This can take a long time on some machines that have adobe's font collection installed, for example, but that is usually a Windows thing....<br><br></div>Ben Root<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 6, 2017 at 4:09 PM, Andrew Z <span dir="ltr"><<a href="mailto:formisc@gmail.com" target="_blank">formisc@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Tkinter was most likely installed as part of rpm install.</div><div dir="auto">Backends - not really. I do know that with mpld3and agg  the scripts hang.</div><div dir="auto">Ihave reinstalled matplot using rpm ( rpm comes only in 1.5 version) and with pip3.</div><div dir="auto">Today i tried on the office machine (fedora 25). Rpm brings only matplot1.5.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">maybe 2 installed locally using pip3 messes with 1.5 leftover or libraries.</div><div dir="auto">Not sure how to validate this idea though..</div><div dir="auto">Probably unrelated:</div><div dir="auto">In pycharm pyplot is not been recognized as part of matplotlib when i "import matplotlib.pyplot. yet the script doesnt crash on import statement...</div><div><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698m_-3998444486082724735m_-1021491554853971055h5"><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br><div class="gmail_extra" dir="auto"><br><div class="gmail_quote">On Nov 6, 2017 15:13, "Benjamin Root" <<a href="mailto:ben.v.root@gmail.com" target="_blank">ben.v.root@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698m_-3998444486082724735m_-1021491554853971055m_-4096754965026030501quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">How did you install Tkinter? Have you tested any other backends? Does this happen for just the head-less "Agg" backend set as default?<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698m_-3998444486082724735m_-1021491554853971055m_-4096754965026030501elided-text">On Sat, Nov 4, 2017 at 3:35 PM, Andrew Z <span dir="ltr"><<a href="mailto:formisc@gmail.com" target="_blank">formisc@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698m_-3998444486082724735m_-1021491554853971055m_-4096754965026030501elided-text"><div dir="ltr"><div><div><div>more relevant information:<br>[az@hp src]$ python3.5<br>Python 3.5.3 (default, May 11 2017, 09:10:41) <br>[GCC 6.3.1 20161221 (Red Hat 6.3.1-1)] on linux<br>Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.<br>>>> import matplotlib<br>>>> matplotlib.__file__<br>'/home/az/.local/lib/python3.5<wbr>/site-packages/matplotlib/__in<wbr>it__.py'<br>>>> matplotlib.get_configdir()<br>'/home/az/.config/matplotlib'<br>>>> print(matplotlib.__version__)<br>2.1.0<br><br>now if i get the simplest plot :<br></div><br>[az@hp src]$ more ./main1.py <br>import matplotlib.pyplot as plt<br>print("imported")<br>plt.plot([1,2,4,1])<br>print("plot is done")<br>plt.show()<br>print("show is done")<br><br>[az@hp src]$ python3.5 main1.py --verbose-debug<br>$HOME=/home/az<br>matplotlib data path /home/az/.local/lib/python3.5/<wbr>site-packages/matplotlib/mpl-d<wbr>ata<br>loaded rc file /home/az/.local/lib/python3.5/<wbr>site-packages/matplotlib/mpl-d<wbr>ata/matplotlibrc<br>matplotlib version 2.1.0<br>verbose.level debug<br>interactive is False<br>platform is linux<br>loaded modules: ['_locale', 'urllib.request', 'numpy.lib.shape_base', 'numpy.matrixlib', 'ipaddress', 'hashlib', 'collections', 'numpy.lib.financial', 'atexit', 'numpy.lib._iotools', '_frozen_importlib_external', 'numpy.polynomial.chebyshev', 'six', 'unittest.runner', '_sitebuiltins', 'numpy.compat', 'numpy.ma.core', 'abrt_exception_handler3', 'codecs', 'sre_constants', 'calendar', 'matplotlib.cbook', 'contextlib', 'heapq', 'ssl', 'dis', 'binascii', 'posixpath', 'cython_runtime', 'traceback', 'numpy.polynomial.laguerre', '_hashlib', 'zipimport', 'email.utils', '_functools', 'copyreg', 'sys', '_sre', 'matplotlib.cbook._backports', 'numpy.lib.arraysetops', 'random', 'email.parser', 'numpy.fft.helper', '_collections', 'difflib', 'numpy.lib.scimath', 'unittest', '_sysconfigdata', 'numpy', 'site', '_ast', 'json.scanner', 'os', 'http', 'functools', 'unittest.main', '<a href="http://numpy.linalg.info/" target="_blank">numpy.linalg.info</a>', '_heapq', 'token', 'pathlib', 'tokenize', 'cycler', 'encodings.cp437', 'numpy.polynomial.polynomial', 'numpy.polynomial._polybase', 'numpy.lib.mixins', 'ctypes._endian', 'numpy.lib.arraypad', 'numpy.matrixlib.defmatrix', 'distutils.version', '_signal', 'marshal', 'stat', 'pprint', 'base64', 'logging', 'enum', 'selectors', 'numpy.core', 'json.encoder', 'operator', 'numpy.testing.nosetester', 'matplotlib._version', 'numpy.ctypeslib', 'numpy.add_newdocs', 'unittest.util', '_weakref', 'select', 'importlib._bootstrap_external<wbr>', 'mtrand', 'importlib._bootstrap', 'matplotlib.rcsetup', 'matplotlib.colors', 'numpy.testing.decorators', 'json', 'numpy.core.machar', 'email.encoders', 'six.moves.urllib', 'matplotlib', 'keyword', 'errno', 'numpy.lib.stride_tricks', '_socket', 'email.quoprimime', 'numpy.ma.extras', 'numbers', 'numpy.version', '_bisect', '_string', 'numpy.lib.arrayterator', 'numpy.core.umath', 'numpy.lib', '_thread', 'time', '_frozen_importlib', '<a href="http://numpy.core.info/" target="_blank">numpy.core.info</a>', 'numpy.core.multiarray', 'math', '_opcode', 'urllib.parse', 'distutils.sysconfig', 'ntpath', 'argparse', 'types', 'sre_compile', 'glob', '__main__', 'email._encoded_words', 'socket', '_struct', '<a href="http://numpy.fft.info/" target="_blank">numpy.fft.info</a>', 'unittest.signals', 'numpy.lib.npyio', 'grp', 'urllib.error', '_io', 'numpy._globals', 'gettext', 'numpy.compat.py3k', 'distutils', 'email.charset', 'ast', 'numpy.lib.function_base', 'uu', 'encodings', 'urllib', 'numpy.lib.twodim_base', 'encodings.latin_1', 'tempfile', 'numpy.lib._version', 'numpy.polynomial.polyutils', 'quopri', 'os.path', '_imp', 'email.base64mime', 'email.message', 'email.header', 'opcode', 'encodings.utf_8', 'reprlib', '_stat', '_warnings', 'email.feedparser', 'numpy.testing.utils', 'numpy.lib.utils', 'genericpath', 'numpy.polynomial.hermite', '_compat_pickle', 'bz2', '_compression', 'subprocess', '_json', 'numpy.lib.nanfunctions', 'inspect', 'sysconfig', '_operator', 'shutil', 'pwd', 'warnings', '_ctypes', '_random', 'email.iterators', '_collections_abc', '__future__', 'email', 'numpy._distributor_init', 'unittest.loader', '_bootlocale', 'numpy.core.records', 'fnmatch', '_posixsubprocess', 'numpy._import_tools', 'numpy.lib.format', '_lzma', 'numpy.core.arrayprint', 'json.decoder', 'signal', 'gzip', 'posix', 'textwrap', 'numpy.fft.fftpack', 'importlib.machinery', 'lzma', 'struct', 'pickle', '_codecs', 'numpy.core.einsumfunc', 'itertools', 'numpy.core.shape_base', 'encodings.aliases', 'numpy.lib.index_tricks', '<a href="http://numpy.random.info/" target="_blank">numpy.random.info</a>', 'numpy.linalg._umath_linalg', 'matplotlib.fontconfig_pattern<wbr>', 'six.moves.urllib.request', '_weakrefset', 'distutils.errors', 'io', 'locale', 'email.errors', 'numpy.core.numerictypes', 'numpy.compat._inspect', 'zlib', 'numpy.polynomial.hermite_e', 'numpy.lib.type_check', 'mpl_toolkits', 'numpy.fft.fftpack_lite', 'bisect', 'dateutil', 'numpy.polynomial', 'collections.abc', '_bz2', 'weakref', 'numpy.lib.ufunclike', 'numpy.core.function_base', 'abc', 'six.moves', 'numpy.linalg', 'numpy.polynomial.legendre', 'numpy.core.defchararray', 'numpy.linalg.lapack_lite', 'numpy.core._internal', 'importlib', 'unittest.suite', 'unittest.case', 'numpy.core.memmap', 'email._parseaddr', '_pickle', '_ssl', 'matplotlib.compat.subprocess'<wbr>, 'numpy.random', 'datetime', 'email._policybase', 'sre_parse', 'numpy.linalg.linalg', 'copy', 'numpy.lib._datasource', 'numpy.core._methods', 'linecache', 'matplotlib.compat', 'numpy.testing', 'numpy.__config__', 'unittest.result', 're', 'http.client', '<a href="http://numpy.lib.info/" target="_blank">numpy.lib.info</a>', 'numpy.core.fromnumeric', 'numpy.core.getlimits', 'matplotlib._color_data', 'urllib.response', 'pyparsing', 'numpy.lib.polynomial', 'threading', 'string', 'numpy.core.numeric', '<a href="http://numpy.ma/" target="_blank">numpy.ma</a>', 'numpy.fft', 'ctypes', 'numpy.random.mtrand', 'matplotlib.cbook.deprecation'<wbr>, '_datetime', 'builtins']<br>CACHEDIR=/home/az/.cache/matpl<wbr>otlib<br>Using fontManager instance from /home/az/.cache/matplotlib/fon<wbr>tList.json<br>backend TkAgg version 8.6<br>imported<br>^C<br></div>Hangs at this point with CPU @ 100%<br><br>grep -v '#' /home/az/.local/lib/python3.5/<wbr>site-packages/matplotlib/mpl-d<wbr>ata/matplotlibrc<br><br></div>The only line is :<br><div>backend      : TkAgg<br><div><div><br><br>[az@hp src]$ gcc --version<br>gcc (GCC) 6.3.1 20161221 (Red Hat 6.3.1-1)<br><br></div><div>I installed using pip3 into --user directory.<br></div><div>but i also remember that i used dnf to get tkInnter installed:<br>rpm -qa | grep tkin<br>python3-tkinter-3.5.3-6.fc24.x<wbr>86_64<br>tkinter-2.7.13-2.fc24.x86_64<br>tix-1:8.4.3-17.fc24.x86_64</div>if i were to compare "pip3 list" between system (root) and the user (az):<br>diff -u /tmp/root_pip /tmp/usr_pip <br>--- /tmp/root_pip    2017-11-04 15:26:09.612643559 -0400<br>+++ /tmp/usr_pip    2017-11-04 15:25:52.396473226 -0400<br>@@ -1,39 +1,65 @@<br> astroid (1.4.5)<br> beautifulsoup4 (4.6.0)<br>+bleach (2.1)<br> blivet (1.20.3)<br> chardet (2.2.1)<br> coverage (4.4.1)<br> cssselect (0.9.1)<br> cupshelpers (1.0)<br>+cx-Oracle (6.0.2)<br> cycler (0.10.0)<br> decorator (4.0.11)<br> distro (1.0.2)<br> dnf-langpacks (0.15.1)<br>+entrypoints (0.2.3)<br> fros (1.1)<br>-html5lib (0.999)<br>+html5lib (1.0b10)<br> humanize (0.5.1)<br> ib-insync (0.8.5)<br>+ibapi (9.73.2)<br> iniparse (0.4)<br> initial-setup (0.3.40)<br> IPy (0.81)<br>+ipykernel (4.6.1)<br>+ipython (6.2.0)<br>+ipython-genutils (0.2.0)<br> ipywidgets (7.0.0)<br> isc (1.0)<br> javapackages (4.6.0)<br>+jedi (0.11.0)<br>+Jinja2 (2.9.6)<br>+jsonschema (2.6.0)<br> jupyter (1.0.0)<br>+jupyter-client (5.1.0)<br>+jupyter-console (5.2.0)<br>+jupyter-core (4.3.0)<br> langtable (0.0.35)<br> lazy-object-proxy (1.2.1)<br> lxml (3.7.2)<br>+MarkupSafe (1.0)<br>+matplotlib (2.1.0)<br>+mistune (0.7.4)<br>+nbconvert (5.3.1)<br>+nbformat (4.4.0)<br>+notebook (5.1.0)<br> ntplib (0.3.3)<br> numpy (1.13.3)<br> ordered-set (2.0.0)<br> pandas (0.20.3)<br>+pandocfilters (1.4.2)<br>+parso (0.1.0)<br>+pexpect (4.2.1)<br>+pickleshare (0.7.4)<br> pid (2.0.1)<br> Pillow (3.2.0)<br> pip (9.0.1)<br>+prompt-toolkit (1.0.15)<br>+ptyprocess (0.5.2)<br> pwquality (1.3.0)<br> pycups (1.9.72)<br> pycurl (7.43.0)<br> pyenchant (1.6.8)<br>+Pygments (2.2.0)<br> pygobject (3.20.1)<br> pygpgme (0.3)<br> pyinotify (0.9.6)<br>@@ -42,6 +68,7 @@<br> pylint (1.5.6)<br> pyparsing (2.2.0)<br> pyparted (3.10.7)<br>+PyQt5 (5.9)<br> PySocks (1.5.6)<br> python-augeas (0.5.0)<br> python-dateutil (2.6.1)<br>@@ -50,6 +77,9 @@<br> pytz (2017.2)<br> pyudev (0.21.0)<br> pyxdg (0.25)<br>+pyzmq (16.0.2)<br>+qtconsole (4.3.1)<br>+Quamash (0.5.5)<br> requests (2.10.0)<br> requests-file (1.4)<br> requests-ftp (0.3.1)<br>@@ -60,11 +90,21 @@<br> sepolicy (1.1)<br> setroubleshoot (1.1)<br> setuptools (20.1.1)<br>+simplegeneric (0.8.1)<br>+sip (4.19.3)<br> six (1.11.0)<br> slip (0.6.4)<br> slip.dbus (0.6.4)<br> sos (3.2)<br> SSSDConfig (1.15.3)<br> systemd-python (232)<br>+terminado (0.6)<br>+testpath (0.3.1)<br>+tornado (4.5.2)<br>+traitlets (4.3.2)<br>+tws-async (0.5.5)<br> urllib3 (1.15.1)<br>+wcwidth (0.1.7)<br>+webencodings (0.5.1)<br>+widgetsnbextension (3.0.3)<br> wrapt (1.10.10)<br><br><br></div><div>I just removed html5lib from system(root) , but tha made no difference to the plotting..<br><br><br></div><div><div><br><br></div></div></div></div><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698m_-3998444486082724735m_-1021491554853971055m_-4096754965026030501m_3559327845014582346HOEnZb"><div class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698m_-3998444486082724735m_-1021491554853971055m_-4096754965026030501m_3559327845014582346h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 4, 2017 at 11:09 AM, Andrew Z <span dir="ltr"><<a href="mailto:formisc@gmail.com" target="_blank">formisc@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>hello,<br></div> the issue i'm experiencing is local to my laptop ( the other machines i have run examples just fine).<br></div>I described it here <a href="https://www.mail-archive.com/python-list@python.org/msg432343.html" target="_blank">https://www.mail-archive.com/p<wbr>ython-list@python.org/msg43234<wbr>3.html</a> in details.<br></div>i searched around, but none of the proposed workarounds helped.<br><br></div>Is there a  way to enable some-kind of debugging or verbose output to see what exactly is happening behind the scene?<br><br></div>Thank you.<span class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698m_-3998444486082724735m_-1021491554853971055m_-4096754965026030501m_3559327845014582346m_-7221700035694085032HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855m_-3191025603378781698m_-3998444486082724735m_-1021491554853971055m_-4096754965026030501m_3559327845014582346m_-7221700035694085032HOEnZb"><font color="#888888">AZ<br><div><div><div><div><br></div></div></div></div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div><br></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Matplotlib-users mailing list<br>
<a href="mailto:Matplotlib-users@python.org" target="_blank">Matplotlib-users@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/matplotlib-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
______________________________<wbr>_________________<br>Matplotlib-users mailing list<br><a href="mailto:Matplotlib-users@python.org" target="_blank">Matplotlib-users@python.org</a><br><a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/matplotlib-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div><div>
<span class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855Apple-style-span" style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;font-family:"Lucida Sans Typewriter";font-size:12px;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-variant-east-asian:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word"><span class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855Apple-style-span" style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;font-family:"Lucida Sans Typewriter";font-size:12px;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-variant-east-asian:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div>--</div><div>Jody Klymak    </div><div><a href="http://web.uvic.ca/~jklymak/" target="_blank">http://web.uvic.ca/~jklymak/</a></div><div><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855khtml-block-placeholder"></div><div><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855khtml-block-placeholder"></div><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855Apple-interchange-newline"></span></div></span><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005m_7361197756702949855Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></div></blockquote></div><br></div>
</div></blockquote></div><br><div>
<span class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005Apple-style-span" style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;font-variant-ligatures:normal;font-variant-east-asian:normal;line-height:normal"><div style="word-wrap:break-word"><span class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005Apple-style-span" style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:'Lucida Sans Typewriter';font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div>--</div><div>Jody Klymak    </div><div><a href="http://web.uvic.ca/~jklymak/" target="_blank">http://web.uvic.ca/~jklymak/</a></div><div><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005khtml-block-placeholder"></div><div><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005khtml-block-placeholder"></div><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005Apple-interchange-newline"></span></div></span><br class="m_6415283482670339108m_-2067316718914694005Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>