<div dir="ltr">Well, why are you creating an RGB array?. Why not just pass the data into imshow() and give it vmin/vmax and the colormap that you'd like to use?<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 3, 2018 at 5:26 PM, Matthew Bradley <span dir="ltr"><<a href="mailto:mbatr27@gmail.com" target="_blank">mbatr27@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small">Here's a basic mockup of what I'm running into:</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small">import matplotlib.pyplot as plt</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small">import numpy as np; np.random.seed(1)</div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">example_2D = np.random.rand(841,138)</font></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default">example_raster = np.empty([example_2D.shape[0],<wbr>example_2D.shape[1],3])</div><div class="gmail_default">for i in range(example_2D.shape[0]):</div><div class="gmail_default">    for j in range(example_2D.shape[1]):</div><div class="gmail_default">        if example_2D[i,j] < 0.5:</div><div class="gmail_default">            example_raster[i,j] = [0,example_2D[i,j],0]</div><div class="gmail_default">        else:</div><div class="gmail_default">            example_raster[i,j] = [example_2D[i,j],0,0]</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default">fig, ax = plt.subplots(figsize=(4,4))</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">im = ax.imshow(example_raster, aspect='auto')</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">fig.colorbar(im, orientation="horizontal")</div><div class="gmail_default">plt.show()</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">There is a ipynb file attached for anyone who wants to play around with it.</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">@ Bruno and Benjamin: Yes, that's essentially what I am doing. Here in this simple example I'm just doctoring it so that I get red and green values but in the actual dataset there are negative values that I set to be green and all the positive values are red</div></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 3, 2018 at 3:14 PM, Bruno Pagani <span dir="ltr"><<a href="mailto:bruno.pagani@astrophysics.eu" target="_blank">bruno.pagani@astrophysics.eu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span>Le 03/08/2018 à 23:09, Benjamin Root a écrit :<br>
> I think the issue is that the user is passing in an RGB array, but<br>
> wants a colormap that matches that array. That is a bit tricky. Do I<br>
> have my understanding correct?<br>
><br>
> Ben<br>
<br>
</span>Exactly what I understood too. So do you have a solution for this? I’ve<br>
stackoverflow’d that question a bit, nothing cames out.<br>
<span class="m_-7431782629596081880HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Bruno<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><div class="m_-7431782629596081880gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma, sans-serif">Matthew Bradley</font></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div>