<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small"><font color="#0000ff"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif">Hi,</span></font></div><div><font color="#0000ff">we are planning a real time fMRi experiment and would like to use nipy to do some preprocessing namely volume realignment of each incoming TR + some smoothing</font><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">however by looking at the documentation<span class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,255)">. E.g:</span></font><div><font color="#0000ff">>>> from nipype.interfaces import fsl></font></div><div><font color="#0000ff">>> from nipype.testing import example_data<br>>>> mcflt = fsl.MCFLIRT(in_file=example_data('functional.nii'), cost='mutualinfo')<br>>>> res = mcflt.run() <br><br></font></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><font color="#0000ff">it would seem that it would only work for  a collection of scans (i.e.the 4D file) of a run.</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><font color="#0000ff"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><font color="#0000ff">Would there be a way to use nipy tools to have a reference image and then each scan that is analysed in realtime to be realigned relative to that reference?</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><font color="#0000ff"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><font color="#0000ff">thanks for any feedback/suggestions!</font></div></div></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><font color="#0000ff"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><font color="#0000ff">best,</font></div><div><font color="#0000ff">David</font><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,255)"></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,255)"></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>