<div dir="ltr"><div>Hi Romain,</div><div><br></div><div>I definitely recommend you send a fresh email to the list with your question.</div><div><br></div><div>Long story short, having the possibility to store two affines in the NIfTI header is actually a very clever idea. But, as often happens, if you then don't fully implement that idea the result is confusing and even dangerous.</div><div><br></div><div>Happy to follow up in some other thread (or in the nitransforms repo - <a href="https://github.com/poldracklab/nitransforms">https://github.com/poldracklab/nitransforms</a>)</div><div><br></div><div>Cheer,</div><div>Oscar</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jul 9, 2021 at 9:32 AM VRomain <<a href="mailto:romain.valabregue@upmc.fr">romain.valabregue@upmc.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi<br>
<br>
great to see new effort on dicom parsing, (among other)<br>
<br>
<br>
Sorry if this is a bit off topic, but seeing those new effort on nibabel <br>
(and the milestone on spatial transform), I wonder if you could help to <br>
solve the nifti ambiguity due to the 2 affine stored in the header<br>
<br>
Personnaly, I still do not understand, why this choice has been made, <br>
and especially  why nobody agree on the interpretation (using multiple <br>
software, it is easy to get silent bug just because of different sform <br>
and qform ...<br>
<br>
So not sure what the solution, if one get stick to the nifty and the <br>
possibility to store 2 affines, (I guess one will always get into <br>
trouble at some point. But may on could encourage an uniform <br>
interpretation among software ?<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Romain<br>
<br>
<br>
Le 06/07/2021 Ã  12:06, Matthew Brett a Ã©crit :<br>
> Dear all,<br>
><br>
> You’ve already heard echoes about this on the list, but Nibabel now<br>
> has a Chan Zuckerberg Initiative grant from their Essential<br>
> Open-source Software for Science series.<br>
><br>
> All the details are here:<br>
><br>
> <a href="https://github.com/matthew-brett/czi-nibabel" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/matthew-brett/czi-nibabel</a><br>
><br>
> We actually got the grant back in October last year, to start in<br>
> January, but I (Matthew) had some trouble negotiating time for the<br>
> work.  That is now resolved and we have the money ready to spend, and<br>
> the time to work on it.<br>
><br>
> We are planning to get going on the grant work starting this week<br>
> (starting 5 July).  You can see the general schedule in the work plan<br>
> in the Github repo above.  In particular, we will get going on the<br>
> planned milestones:<br>
><br>
> <a href="https://github.com/matthew-brett/czi-nibabel/blob/master/milestones.md" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/matthew-brett/czi-nibabel/blob/master/milestones.md</a><br>
><br>
> I will be starting work on the axis labelling / metadata API, and<br>
> better DICOM integration.  Chris will be ramping up work on the<br>
> surface API.  Oscar will be extending the surface transform work.<br>
><br>
> We’re emailing now to warn you that you will see more activity appear<br>
> quite quickly, and we would really appreciate help in reviewing. We<br>
> would love to hear from any of you who have particular interest in<br>
> these topics.<br>
><br>
> Cheers,<br>
><br>
> Matthew, Chris, Oscar<br>
> _______________________________________________<br>
> Neuroimaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
> <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>