<div dir="ltr"><div>Looks like some really great ideas and resources are coming together.  I'm really glad to see you funded for this.</div><div><br></div><div>Folks may also be interested in highdicom: <a href="https://github.com/MGHComputationalPathology/highdicom">https://github.com/MGHComputationalPathology/highdicom</a></div><div><br></div><div>It addresses objects like reports, parametric maps and segmentations that could really be useful for neuroimaging.</div><div><br></div><div>We also have a lot of multimodality python dicom parsing code in Slicer that would be nice to factor out.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Steve</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Jul 10, 2021 at 12:10 PM Matthew Brett <<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com">matthew.brett@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Steve,<br>
<br>
Some sparse notes here:<br>
<br>
<a href="https://docs.google.com/document/d/1Ca999GAx1qfCT0Hw5JRlJSEJeVTRDYaIg1h1LWbgYoo/edit?usp=sharing" rel="noreferrer" target="_blank">https://docs.google.com/document/d/1Ca999GAx1qfCT0Hw5JRlJSEJeVTRDYaIg1h1LWbgYoo/edit?usp=sharing</a><br>
<br>
The next plan was to have a show-and-tell session where we go over the<br>
main parts of the various Python libraries covering DICOM in<br>
neuroimaging, which we so far have as:<br>
<br>
dicom_parser<br>
dcmstack<br>
Nibabel/nicom<br>
<br>
All welcome, as usual; any other suggestions welcome.  We haven't got<br>
a time yet - I think Zvi had kindly agreed to poll and set that up<br>
next week.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Matthew<br>
<br>
On Sat, Jul 10, 2021 at 5:06 PM Steve Pieper <<a href="mailto:pieper@isomics.com" target="_blank">pieper@isomics.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi Mathew and Satra -<br>
><br>
> I'm sorry I couldn't attend the meeting yesterday, but I look forward to this further discussion.  Are there any notes from the meeting?<br>
><br>
> Best,<br>
> Steve<br>
><br>
> On Sat, Jul 10, 2021 at 11:54 AM Matthew Brett <<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com" target="_blank">matthew.brett@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hi,<br>
>><br>
>> Ah - sorry - I didn't realize Neurostars was a Discourse instance - I<br>
>> hadn't looked for ages.  No, no reason, let's move there.  How do I<br>
>> create a new category?  Is there a system for collecting / archiving<br>
>> the post data so that we can replicate it if there's a problem?<br>
>><br>
>> Cheers,<br>
>><br>
>> Matthew<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> On Sat, Jul 10, 2021 at 4:15 PM Satrajit Ghosh <<a href="mailto:satra@mit.edu" target="_blank">satra@mit.edu</a>> wrote:<br>
>> ><br>
>> > hi matthew,<br>
>> ><br>
>> > any reason not to use neurostars for this (which is a discourse platform)? a number of neuroimaging software discussions are already happening there, including questions about nibabel and dicom conversion tools.<br>
>> ><br>
>> > cheers,<br>
>> ><br>
>> > satra<br>
>> ><br>
>> > On Sat, Jul 10, 2021 at 10:43 AM Matthew Brett <<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com" target="_blank">matthew.brett@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> >><br>
>> >> Hi,<br>
>> >><br>
>> >> We had a good discussion yesterday about what to do next with Python and DICOM.<br>
>> >><br>
>> >> To keep the discussion going, while not overloading your inboxes, I've<br>
>> >> asked Discourse for a Nipy Discourse instance, and I've made a<br>
>> >> category for the DICOM discussions, here:<br>
>> >><br>
>> >> <a href="https://nipy.discourse.group/c/python-dicom" rel="noreferrer" target="_blank">https://nipy.discourse.group/c/python-dicom</a><br>
>> >><br>
>> >> Can I suggest that we move the DICOM discussions to that category?<br>
>> >> Then we can feed back here, from time to time.<br>
>> >><br>
>> >> The Discourse category is all public, so you can always go and see<br>
>> >> what we are up to by following the link.  For those new to Discourse,<br>
>> >> it's a rather nice Forum-like system that has good email integration,<br>
>> >> and Markdown editing, so it's a nice way of making well-formed,<br>
>> >> publicly searchable messages and discussions, that you can use via<br>
>> >> email if you want.<br>
>> >><br>
>> >> If anyone wants new categories or admin permissions on the Discourse<br>
>> >> instance, just let me know.<br>
>> >><br>
>> >> Cheers,<br>
>> >><br>
>> >> Matthew<br>
>> >> _______________________________________________<br>
>> >> Neuroimaging mailing list<br>
>> >> <a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
>> >> <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > Neuroimaging mailing list<br>
>> > <a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
>> > <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Neuroimaging mailing list<br>
>> <a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
>> <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Neuroimaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
> <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>