<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=gb2312">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">

<p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

Dear Developers,</p>

<p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

We are a medical lab from Shenzhen Research Institute of Big Data, China. <span style="font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40);" class="ContentPasted1 ContentPasted3">We

 are doing an urgent and important research about Intermittent Exotropia, which is a common progressive disease in children.  We need to reconstruct the brain parameters using MAP-MRI model from dipy. However, we met a problem with the reconstruction of the

 whole brain. We have searched our problem in the forum on github but there isn't any valuable solution. Therefore, we are writing this email to ask for help. The details are shown below.<span style="font-family: "PingFang SC", "Segoe UI", Arial, "Microsoft YaHei", 微软雅黑, 宋体, "Malgun Gothic", sans-serif; display: inline !important; color: rgb(16, 18, 20); background-color: rgba(255, 228, 181, 0.7);" class="ContentPasted2"></span></span></p>

<p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0 ContentPasted4 ContentPasted7">

When we run the example code reconst_mapmri.ipynb (<a href="https://dipy.org/documentation/1.7.0/examples_built/07_reconstruction/reconst_mapmri/#sphx-glr-examples-built-07-reconstruction-reconst-mapmri-py" id="LPNoLPOWALinkPreview">https://dipy.org/documentation/1.7.0/examples_built/07_reconstruction/reconst_mapmri/#sphx-glr-examples-built-07-reconstruction-reconst-mapmri-py</a>),<span class="ContentPasted0"> </span>it

 is good when we use the image fragment data_small [40:65, 50:51]. However, when we run the code on the whole brain, the images of RTOP, RTAP, and RTPP parameters will be wrong, which contain no signals.

<span style="display: inline !important; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted6">

We have also tried the preprocessing step to add a mask by<span class="ContentPasted6"> </span></span><a href="https://dipy.org/documentation/1.7.0/examples_built/04_preprocessing/brain_extraction_dwi/" rel="nofollow" style="box-sizing: border-box; text-decoration: none; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted6" data-loopstyle="linkonly">Brain

 segmentation with median_otsu</a>.ipynb (<a href="https://dipy.org/documentation/1.7.0/examples_built/04_preprocessing/brain_extraction_dwi/" id="LPNoLPOWALinkPreview_1">https://dipy.org/documentation/1.7.0/examples_built/04_preprocessing/brain_extraction_dwi/</a>)<span style="display: inline !important; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted6">,

 but it does not work. </span>The correct and wrong outputs are shown below.</p>

<div class="_Entity _EType_OWALinkPreview _EId_OWALinkPreview_1 _EReadonly_1"></div>

<p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

Wrong output:</p>

<div dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

<img style="max-width:100%" class="w-1010 h-206" size="45970" contenttype="image/png" data-outlook-trace="F:1|T:1" src="cid:f70f8de6-953a-4336-ae46-c7a16ce692fe"><br>

</div>

<div dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

Correct output:</div>

<div dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

<img style="max-width:100%" class="ContentPasted5 w-1010 h-146" size="36902" contenttype="image/png" data-outlook-trace="F:1|T:1" src="cid:72682e07-4f6c-4d32-a688-f6b484447e53"><br>

</div>

<div dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

We'd highly appreciated it if you could help us solve this problem. Thanks a lot! Looking forward to your reply!</div>

<div dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

Best wishes,</div>

<div dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; font-size: 14px; color: rgb(31, 35, 40); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="ContentPasted0">

Chen Wang</div>

<br>

</div>

</body>

</html>