<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
Hello,<div><br></div><div>I have a vectorizing problem that I don't see an obvious way to solve.  What I have is a vector like:</div><div><br></div><div>obs=array([1,2,3,4,3,2,1,2,1,2,1,5,4,3,2])</div><div><br></div><div>and a matrix</div><div><br></div><div>T=zeros((6,6))</div><div><br></div><div>and what I want in T is a count of all of the transitions in obs, e.g. T[1,2]=3 because the sequence 1-2 happens 3 times,  T[3,4]=1 because the sequence 3-4 only happens once, etc...  I can do it unvectorized like:</div><div><br></div><div>for o1,o2 in zip(obs[:-1],obs[1:]):</div><div>    T[o1,o2]+=1</div><div><br></div><div><br></div><div>which gives the correct answer from above, which is:</div><div><br></div><div><div>array([[ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],</div><div>       [ 0.,  0.,  3.,  0.,  0.,  1.],</div><div>       [ 0.,  3.,  0.,  1.,  0.,  0.],</div><div>       [ 0.,  0.,  2.,  0.,  1.,  0.],</div><div>       [ 0.,  0.,  0.,  2.,  0.,  0.],</div><div>       [ 0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.]])</div><div><br></div></div><div><br></div><div><br></div><div>but I thought there would be a better way.  I tried:</div><div><br></div><div><div>o1=obs[:-1]</div><div>o2=obs[1:]</div><div>T[o1,o2]+=1</div><div><br></div><div>but this doesn't give a count, it just yields 1's at the transition points, like:</div><div><br></div><div><div>array([[ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],</div><div>       [ 0.,  0.,  1.,  0.,  0.,  1.],</div><div>       [ 0.,  1.,  0.,  1.,  0.,  0.],</div><div>       [ 0.,  0.,  1.,  0.,  1.,  0.],</div><div>       [ 0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.],</div><div>       [ 0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.]])</div><div><br></div></div><div><br></div><div>Is there a clever way to do this?  I could write a quick Cython solution, but I wanted to keep this as an all-numpy implementation if I can.</div><div><br></div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                      </span>thanks,<br></div><div><br></div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                          </span>Brian Blais<br></div><div><br></div><div><br></div></div><div><br><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Monaco; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>-- </div><div>Brian Blais</div><div><a href="mailto:bblais@bryant.edu">bblais@bryant.edu</a></div><div><a href="http://web.bryant.edu/~bblais">http://web.bryant.edu/~bblais</a></div><div><br class="khtml-block-placeholder"></div><br class="Apple-interchange-newline"></span> </div><br></div></body></html>