<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    <tt><big>Dear all,<br>
        <br>
        Heatmap </big></tt><tt><big>(like those on the page
        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/students/peter_cock/r/heatmap/">http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/students/peter_cock/r/heatmap/</a>)
        is a frequently used type of image in microarray data analysis.
      </big></tt><tt><big>However, it seems there are no convenient
        functions in matplotlib to plot heatmap (please correct me if I
        was wrong), so I'm planning to write my own.<br>
      </big></tt><tt><big><br>
        Let me take the heatmap by the link
        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/students/peter_cock/r/heatmap/scaled_color_key.png">http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/students/peter_cock/r/heatmap/scaled_color_key.png</a>

        as an example, which is produced by R.<br>
      </big></tt><br>
    <tt><big>With my limited knowledge and expertise of matplotlib, I
        have the following questions and I hope you guys could help me.<br>
        <br>
        1) I tend to use pcolor to draw the colormap in the central
        area. However, I've seen a lot of examples draw colormap with
        imshow. <br>
        <br>
           What's the difference between pcolor and imshow?<br>
           Shall I use pcolor or imshow to produce the heatmap in the
        link above?<br>
        <br>
        2) How to draw the dendrograms on the top and left of the
        colormap? <br>
        <br>
           I got hints from
        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://matplotlib.sourceforge.net/examples/axes_grid/scatter_hist.html">http://matplotlib.sourceforge.net/examples/axes_grid/scatter_hist.html</a>
        on how to append axes to current plot, but I still have now idea
        how to draw the dengrograms.<br>
        <br>
        3) How to draw the column side colormap (the smaller one)
        between the top dendrogram and the big colormap?<br>
        <br>
        4) I can use colorbar to draw a colorbar, but how to place the
        colorbar on the topleft of the image just as the R heatmap does?<br>
        <br>
        5) Any other suggestions on how to draw the heatmap?<br>
        <br>
        Thanks and any help will be greatly appreciated.<br>
        <br>
        Regards,<br>
        Jianfeng<br>
        <br>
        <br>
        <br>
      </big><br>
      <br>
    </tt>
  </body>
</html>