<div dir="ltr">help</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 21, 2013 at 2:44 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:numpy-discussion-request@scipy.org" target="_blank">numpy-discussion-request@scipy.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send NumPy-Discussion mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:numpy-discussion@scipy.org">numpy-discussion@scipy.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:numpy-discussion-request@scipy.org">numpy-discussion-request@scipy.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:numpy-discussion-owner@scipy.org">numpy-discussion-owner@scipy.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of NumPy-Discussion digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Can Numpy use static libraries from LAPACK? (James Jong)<br>
   2. Re: Can Numpy use static libraries from LAPACK? (Ilan Schnell)<br>
   3. Re: Can Numpy use static libraries from LAPACK? (James Jong)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Sun, 21 Apr 2013 13:35:12 -0400<br>
From: James Jong <<a href="mailto:ribonucleico@gmail.com">ribonucleico@gmail.com</a>><br>
Subject: [Numpy-discussion] Can Numpy use static libraries from<br>
        LAPACK?<br>
To: <a href="mailto:numpy-discussion@scipy.org">numpy-discussion@scipy.org</a><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAD4ivxVdTNgbkMD0rJOGrUGpMUtieN10Gh8WzOz59Xr0196VgA@mail.gmail.com">CAD4ivxVdTNgbkMD0rJOGrUGpMUtieN10Gh8WzOz59Xr0196VgA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Note: I started a thread in StackOverflow a few days ago with this<br>
question, but I have not received any response yet (the link is:<br>
<a href="http://stackoverflow.com/questions/16093910/numpy-and-scipy-static-vs-dynamic-loading" target="_blank">http://stackoverflow.com/questions/16093910/numpy-and-scipy-static-vs-dynamic-loading</a><br>
)<br>
<br>
The question is the following:<br>
<br>
Say that I build ATLAS with LAPACK as follows:<br>
<br>
wget <a href="http://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Stable/3.10.1/atlas3.10.1.tar.bz2/download" target="_blank">http://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Stable/3.10.1/atlas3.10.1.tar.bz2/download</a><br>

wget <a href="http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.4.2.tgz" target="_blank">http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.4.2.tgz</a><br>
tar -jxvf atlas3.10.1.tar.bz2<br>
mkdir BUILD<br>
cd BUILD<br>
../ATLAS/configure -b 64 -Fa alg -fPIC \<br>
    --with-netlib-lapack-tarfile=../lapack-3.4.2.tgz \<br>
    --prefix=<ATLAS_INSTALL_PATH><br>
make<br>
cd lib<br>
make shared<br>
make ptshared<br>
cd ..<br>
make install<br>
<br>
Note that I did *not *pass the flag  --shared in .my call to configure.<br>
<br>
I end up with the following files under BUILD/lib:<br>
<br>
Make.inc@<br>
Makefile<br>
<br>
the following  .a files:<br>
<br>
libatlas.a<br>
libcblas.a<br>
libf77blas.a<br>
libptf77blas.a<br>
libtstatlas.a<br>
liblapack.a<br>
libf77refblas.a<br>
libptlapack.a<br>
libptcblas.a<br>
<br>
and the following .so files:<br>
<br>
libsatlas.so*<br>
libtatlas.so*<br>
<br>
Finally, if I define:<br>
<br>
BLAS=/path_to_BUILD/lib/libcblas.a<br>
LAPACK=/path_to_BUILD/lib/liblapack.a<br>
ATLAS=/path_to_BUILD/lib/libatlas.a<br>
<br>
and add /path_to_BUILD/lib to LD_LIBRARY_PATH and to the library_dirs variable<br>
within thesite.cfg file in NumPy.<br>
<br>
Would NumPy and SciPy use my libraries? (even though they all seem to be<br>
static?).<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Jason<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/attachments/20130421/8eb16cdf/attachment-0001.html" target="_blank">http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/attachments/20130421/8eb16cdf/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Sun, 21 Apr 2013 13:24:52 -0500<br>
From: Ilan Schnell <<a href="mailto:ilanschnell@gmail.com">ilanschnell@gmail.com</a>><br>
Subject: Re: [Numpy-discussion] Can Numpy use static libraries from<br>
        LAPACK?<br>
To: Discussion of Numerical Python <<a href="mailto:numpy-discussion@scipy.org">numpy-discussion@scipy.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAHxB1U3%2BOmXPMU-2vX8i50xhS%2BRBdQzGRuWqk4zocZpHwBmgmA@mail.gmail.com">CAHxB1U3+OmXPMU-2vX8i50xhS+RBdQzGRuWqk4zocZpHwBmgmA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Hello Jason,<br>
the answer is yes.  This is how my site.cfg on Linux look like:<br>
<br>
[DEFAULT]<br>
library_dirs = <atlas install prefix>/lib<br>
include_dirs = <atlas install prefix>/include<br>
<br>
[blas_opt]<br>
libraries = f77blas, cblas, atlas<br>
<br>
[lapack_opt]<br>
libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas<br>
<br>
- Ilan<br>
<br>
On Sun, Apr 21, 2013 at 12:35 PM, James Jong <<a href="mailto:ribonucleico@gmail.com">ribonucleico@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Note: I started a thread in StackOverflow a few days ago with this<br>
> question, but I have not received any response yet (the link is:<br>
> <a href="http://stackoverflow.com/questions/16093910/numpy-and-scipy-static-vs-dynamic-loading" target="_blank">http://stackoverflow.com/questions/16093910/numpy-and-scipy-static-vs-dynamic-loading</a><br>
> )<br>
><br>
> The question is the following:<br>
><br>
> Say that I build ATLAS with LAPACK as follows:<br>
><br>
> wget <a href="http://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Stable/3.10.1/atlas3.10.1.tar.bz2/download" target="_blank">http://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Stable/3.10.1/atlas3.10.1.tar.bz2/download</a><br>

> wget <a href="http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.4.2.tgz" target="_blank">http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.4.2.tgz</a><br>
> tar -jxvf atlas3.10.1.tar.bz2<br>
> mkdir BUILD<br>
> cd BUILD<br>
> ../ATLAS/configure -b 64 -Fa alg -fPIC \<br>
>     --with-netlib-lapack-tarfile=../lapack-3.4.2.tgz \<br>
>     --prefix=<ATLAS_INSTALL_PATH><br>
> make<br>
> cd lib<br>
> make shared<br>
> make ptshared<br>
> cd ..<br>
> make install<br>
><br>
> Note that I did *not *pass the flag  --shared in .my call to configure.<br>
><br>
> I end up with the following files under BUILD/lib:<br>
><br>
> Make.inc@<br>
> Makefile<br>
><br>
> the following  .a files:<br>
><br>
> libatlas.a<br>
> libcblas.a<br>
> libf77blas.a<br>
> libptf77blas.a<br>
> libtstatlas.a<br>
> liblapack.a<br>
> libf77refblas.a<br>
> libptlapack.a<br>
> libptcblas.a<br>
><br>
> and the following .so files:<br>
><br>
> libsatlas.so*<br>
> libtatlas.so*<br>
><br>
> Finally, if I define:<br>
><br>
> BLAS=/path_to_BUILD/lib/libcblas.a<br>
> LAPACK=/path_to_BUILD/lib/liblapack.a<br>
> ATLAS=/path_to_BUILD/lib/libatlas.a<br>
><br>
> and add /path_to_BUILD/lib to LD_LIBRARY_PATH and to the library_dirs variable<br>
> within thesite.cfg file in NumPy.<br>
><br>
> Would NumPy and SciPy use my libraries? (even though they all seem to be<br>
> static?).<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> Jason<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> NumPy-Discussion mailing list<br>
> <a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
> <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/attachments/20130421/12cdef78/attachment-0001.html" target="_blank">http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/attachments/20130421/12cdef78/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Sun, 21 Apr 2013 14:48:57 -0400<br>
From: James Jong <<a href="mailto:ribonucleico@gmail.com">ribonucleico@gmail.com</a>><br>
Subject: Re: [Numpy-discussion] Can Numpy use static libraries from<br>
        LAPACK?<br>
To: Discussion of Numerical Python <<a href="mailto:numpy-discussion@scipy.org">numpy-discussion@scipy.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAD4ivxU3-On5fjrUvByrCU0xwVr9Lrycp557iho-_pnQX%2B4D1A@mail.gmail.com">CAD4ivxU3-On5fjrUvByrCU0xwVr9Lrycp557iho-_pnQX+4D1A@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Thanks a lot Ilan,<br>
<br>
That's great to know. Do you know if there is any way to verify this?<br>
Perhaps seeing which specific files with their extensions are actually<br>
Numpy loads and uses?<br>
<br>
Jason<br>
<br>
<br>
<br>
On Sun, Apr 21, 2013 at 2:24 PM, Ilan Schnell <<a href="mailto:ilanschnell@gmail.com">ilanschnell@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Hello Jason,<br>
> the answer is yes.  This is how my site.cfg on Linux look like:<br>
><br>
> [DEFAULT]<br>
> library_dirs = <atlas install prefix>/lib<br>
> include_dirs = <atlas install prefix>/include<br>
><br>
> [blas_opt]<br>
> libraries = f77blas, cblas, atlas<br>
><br>
> [lapack_opt]<br>
> libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas<br>
><br>
> - Ilan<br>
><br>
> On Sun, Apr 21, 2013 at 12:35 PM, James Jong <<a href="mailto:ribonucleico@gmail.com">ribonucleico@gmail.com</a>>wrote:<br>
><br>
>> Note: I started a thread in StackOverflow a few days ago with this<br>
>> question, but I have not received any response yet (the link is:<br>
>> <a href="http://stackoverflow.com/questions/16093910/numpy-and-scipy-static-vs-dynamic-loading" target="_blank">http://stackoverflow.com/questions/16093910/numpy-and-scipy-static-vs-dynamic-loading</a><br>
>> )<br>
>><br>
>> The question is the following:<br>
>><br>
>> Say that I build ATLAS with LAPACK as follows:<br>
>><br>
>> wget <a href="http://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Stable/3.10.1/atlas3.10.1.tar.bz2/download" target="_blank">http://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Stable/3.10.1/atlas3.10.1.tar.bz2/download</a><br>

>> wget <a href="http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.4.2.tgz" target="_blank">http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.4.2.tgz</a><br>
>> tar -jxvf atlas3.10.1.tar.bz2<br>
>> mkdir BUILD<br>
>> cd BUILD<br>
>> ../ATLAS/configure -b 64 -Fa alg -fPIC \<br>
>>     --with-netlib-lapack-tarfile=../lapack-3.4.2.tgz \<br>
>>     --prefix=<ATLAS_INSTALL_PATH><br>
>> make<br>
>> cd lib<br>
>> make shared<br>
>> make ptshared<br>
>> cd ..<br>
>> make install<br>
>><br>
>> Note that I did *not *pass the flag  --shared in .my call to configure.<br>
>><br>
>> I end up with the following files under BUILD/lib:<br>
>><br>
>> Make.inc@<br>
>> Makefile<br>
>><br>
>> the following  .a files:<br>
>><br>
>> libatlas.a<br>
>> libcblas.a<br>
>> libf77blas.a<br>
>> libptf77blas.a<br>
>> libtstatlas.a<br>
>> liblapack.a<br>
>> libf77refblas.a<br>
>> libptlapack.a<br>
>> libptcblas.a<br>
>><br>
>> and the following .so files:<br>
>><br>
>> libsatlas.so*<br>
>> libtatlas.so*<br>
>><br>
>> Finally, if I define:<br>
>><br>
>> BLAS=/path_to_BUILD/lib/libcblas.a<br>
>> LAPACK=/path_to_BUILD/lib/liblapack.a<br>
>> ATLAS=/path_to_BUILD/lib/libatlas.a<br>
>><br>
>> and add /path_to_BUILD/lib to LD_LIBRARY_PATH and to the library_dirs variable<br>
>> within thesite.cfg file in NumPy.<br>
>><br>
>> Would NumPy and SciPy use my libraries? (even though they all seem to be<br>
>> static?).<br>
>><br>
>> Thanks,<br>
>><br>
>> Jason<br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> NumPy-Discussion mailing list<br>
>> <a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
>> <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
>><br>
>><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> NumPy-Discussion mailing list<br>
> <a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
> <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/attachments/20130421/61a9c6ee/attachment.html" target="_blank">http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/attachments/20130421/61a9c6ee/attachment.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
<br>
<br>
End of NumPy-Discussion Digest, Vol 79, Issue 67<br>
************************************************<br>
</blockquote></div><br></div>