<div dir="ltr">Hi David,<br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 15, 2013 at 12:46 PM, David Cournapeau <span dir="ltr"><<a href="mailto:cournape@gmail.com" target="_blank">cournape@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>It looks better than rc1, thanks for the great work. I have only tested on rh5 for now, but building the following against numpy 1.7.1 and running against 1.8.0 rc2 only give a few failures for the full list of packages supported by Enthought. Bottleneck / larry are caused by numpy, the sklearn may be a bug in numpy or scikit learn or scipy (eigh issue).<br>

<br>List of packages:<br><br>GDAL-1.10.0<br>MDP-3.3<br>Pycluster-1.50<br>ScientificPython-2.9.0<br>SimPy-2.2<br>astropy-0.2.4<br>basemap-1.0.6<br>biopython-1.59<br>chaco-4.3.0<br>enable-4.3.0<br>fastnumpy-1.0<br>fwrap-0.1.1<br>

h5py-2.2.0<br>llvmmath-0.1.1<br>matplotlib-1.3.0<br>mayavi-4.3.0<br>netCDF4-1.0.5<br>networkx-1.8.1<br>nltk-2.0.1<br>numba-0.10.2<br>opencv-2.4.5<br>pandas-0.12.0<br>pyfits-3.0.6<br>pygarrayimage-0.0.7<br>pygrib-1.9.2<br>

pyhdf-0.8.3<br>pysparse-1.2.dev213<br>pytables-2.4.0<br>scikits.image-0.8.2<br>scikits.rsformats-0.1<br>scikits.timeseries-0.91.3<br>scimath-4.1.2<br>scipy-0.12.0<br>traits-4.3.0<br><br></div>As for the bottleneck/larry failures (for reference):<br>

<br> ======================================================================<br>  FAIL: Test nanargmin.<br>  ----------------------------------------------------------------------<br>  Traceback (most recent call last):<br>

    File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/nose/case.py", line 197, in runTest<br>      self.test(*self.arg)<br>    File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/bottleneck/tests/func_test.py", line 78, in unit_maker<br>

      assert_array_equal(actual, desired, err_msg)<br>    File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py", line 718, in assert_array_equal<br>      verbose=verbose, header='Arrays are not equal')<br>

    File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py", line 644, in assert_array_compare<br>      raise AssertionError(msg)<br>  AssertionError:<br>  Arrays are not equal<br>

<br>  func nanargmin | input a44 (float32) | shape (4,) | axis -1<br><br>  Input array:<br>  [ nan  nan  nan  nan]<br><br>  (mismatch 100.0%)<br>   x: array(nan)<br>   y: array('Crashed',<br>        dtype='|S7')<br>

<br>  ======================================================================<br>  FAIL: Test nanargmax.<br>  ----------------------------------------------------------------------<br>  Traceback (most recent call last): <br>

    File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/nose/case.py", line 197, in runTest<br>      self.test(*self.arg)<br>    File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/bottleneck/tests/func_test.py", line 78, in unit_maker<br>

      assert_array_equal(actual, desired, err_msg)<br>    File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py", line 718, in assert_array_equal<br>      verbose=verbose, header='Arrays are not equal')<br>

    File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py", line 644, in assert_array_compare<br>      raise AssertionError(msg)<br>  AssertionError:<br>  Arrays are not equal<br>

<br>  func nanargmax | input a44 (float32) | shape (4,) | axis -1<br><br>  Input array:<br>  [ nan  nan  nan  nan]<br><br>  (mismatch 100.0%)<br>   x: array(nan)<br>   y: array('Crashed',<br>        dtype='|S7')<br>

<br>  ----------------------------------------------------------------------<br>  Ran 124 tests in 85.714s<br><br>  FAILED (failures=2)<br>FAIL<br><br></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Not going to fix these, nanarg{max, min} now raises an exception for this case.<br>
 <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div></div>and larry:<br><br>======================================================================<br>

ERROR: Failure: IndexError (too many indices)<br>----------------------------------------------------------------------<br>Traceback (most recent call last):<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py", line 253, in generate<br>

    for test in g():<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/la/tests/all_nan_test.py", line 31, in test_all_nan<br>    actual = getattr(lar(), method)(*parameters)<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/la/deflarry.py", line 3066, in quantile<br>

    x = quantile(self.x, q, axis=axis)<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/la/farray/normalize.py", line 289, in quantile<br>    y = np.apply_along_axis(_quantileraw1d, axis, x, q)<br>

  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/shape_base.py", line 79, in apply_along_axis<br>    res = func1d(arr[tuple(i.tolist())],*args)<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/la/farray/normalize.py", line 228, in _quantileraw1d<br>

    xi = xi[idx,:]<br>IndexError: too many indices<br><br>======================================================================<br>ERROR: larry.quantile_1<br>----------------------------------------------------------------------<br>

Traceback (most recent call last):<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/la/tests/deflarry_test.py", line 3401, in test_quantile_1<br>    actual = self.l1.quantile(2)<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/la/deflarry.py", line 3066, in quantile<br>

    x = quantile(self.x, q, axis=axis)<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/la/farray/normalize.py", line 289, in quantile<br>    y = np.apply_along_axis(_quantileraw1d, axis, x, q)<br>

  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/shape_base.py", line 79, in apply_along_axis<br>    res = func1d(arr[tuple(i.tolist())],*args)<br>  File "/home/vagrant/src/master-env/lib/python2.7/site-packages/la/farray/normalize.py", line 228, in _quantileraw1d<br>

    xi = xi[idx,:]<br>IndexError: too many indices<br><br></div>(more similar)<br></div></blockquote><div><br></div><div>Iarry problem, the proper form here is xi[x,...]<br><br></div><div>Chuck </div></div></div></div>