<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 29, 2017 at 4:08 AM, Neal Becker <span dir="ltr"><<a href="mailto:ndbecker2@gmail.com" target="_blank">ndbecker2@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Transplant sounds interesting, I think I could use this.  I don't understand though why nobody has used a more direct approach?  Matlab has their python API <a href="https://www.mathworks.com/help/matlab/matlab-engine-for-python.html" target="_blank">https://www.mathworks.com/<wbr>help/matlab/matlab-engine-for-<wbr>python.html</a>.  This will pass Matlab arrays to/from python as some kind of opaque blob.  I would guess that inside every Matlab array is a numpy array crying to be freed - in both cases an array is a block of memory together with shape and stride information.  So I would hope a direct conversion could be done, at least via C API if not directly with python numpy API. </div></blockquote><div><br></div><div>I agree -- it is absolutley bizare that they havn'etr built in a numpy array <-> matlab array mapping!</div><div><br></div><div>MAybe they do'nt want Matlb usres to realize that nmpy provides most of what MATLAB does (but better :-) ) -- and want people to use Python with MATlab for other pytonic stuff that MATLAB doesn't do well....</div><div><br></div><div>but they do provide a mapping for array.array:</div><div><br></div><div><a href="https://www.mathworks.com/help/matlab/matlab_external/use-python-array-array-types.html">https://www.mathworks.com/help/matlab/matlab_external/use-python-array-array-types.html</a><br></div><div><br></div><div>which is a buffer you can wrap a numpy array around efficiently....</div><div><br></div><div>odd that you'd have to write that code.</div><div><br></div><div>-CHB</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"> But it seems nobody has done this, so maybe it's not that simple?<div><br></div><div><br></div><div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, Aug 28, 2017 at 5:32 PM Gregory Lee <<a href="mailto:grlee77@gmail.com" target="_blank">grlee77@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I have not used Transplant, but it sounds fairly similar to Python-matlab-bridge.  We currently optionally call Matlab via Python-matlab-bridge in some of the the tests for the PyWavelets package.<br><br><a href="https://arokem.github.io/python-matlab-bridge/" target="_blank">https://arokem.github.io/<wbr>python-matlab-bridge/</a><br><a href="https://github.com/arokem/python-matlab-bridge" target="_blank">https://github.com/arokem/<wbr>python-matlab-bridge</a><br><br></div>I would be interested in hearing about the benefits/drawbacks relative to Transplant if there is anyone who has used both.  <br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 28, 2017 at 4:29 PM, CJ Carey <span dir="ltr"><<a href="mailto:perimosocordiae@gmail.com" target="_blank">perimosocordiae@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Looks like Transplant can handle this use-case.<div><br></div><div>Blog post: <a href="http://bastibe.de/2015-11-03-matlab-engine-performance.html" target="_blank">http://bastibe.de/2015-<wbr>11-03-matlab-engine-<wbr>performance.html</a></div><div>GitHub link: <a href="https://github.com/bastibe/transplant" target="_blank">https://github.com/<wbr>bastibe/transplant</a></div><div><br></div><div>I haven't given it a try myself, but it looks promising.</div></div><div class="gmail-m_-5340281466674946710m_-4461797037187276017m_-3530991880089124417HOEnZb"><div class="gmail-m_-5340281466674946710m_-4461797037187276017m_-3530991880089124417h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 28, 2017 at 4:21 PM, Stephan Hoyer <span dir="ltr"><<a href="mailto:shoyer@gmail.com" target="_blank">shoyer@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">If you can use Octave instead of Matlab, I've had a very good experience with Oct2Py:<div><a href="https://github.com/blink1073/oct2py" target="_blank">https://github.com/blink1073/<wbr>oct2py</a><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="gmail-m_-5340281466674946710m_-4461797037187276017m_-3530991880089124417m_2761886602888704334h5">On Mon, Aug 28, 2017 at 12:20 PM, Neal Becker <span dir="ltr"><<a href="mailto:ndbecker2@gmail.com" target="_blank">ndbecker2@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div class="gmail-m_-5340281466674946710m_-4461797037187276017m_-3530991880089124417m_2761886602888704334h5"><div dir="ltr">I've searched but haven't found any decent answer.  I need to call Matlab from python.  Matlab has a python module for this purpose, but it doesn't understand numpy AFAICT.  What solutions are there for efficiently interfacing numpy arrays to Matlab?<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Neal</div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@python.org" target="_blank">NumPy-Discussion@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/numpy-<wbr>discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@python.org" target="_blank">NumPy-Discussion@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/numpy-<wbr>discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@python.org" target="_blank">NumPy-Discussion@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/numpy-<wbr>discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
______________________________<wbr>_________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@python.org" target="_blank">NumPy-Discussion@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/numpy-<wbr>discussion</a><br>
</blockquote></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@python.org">NumPy-Discussion@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/numpy-<wbr>discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><br>Christopher Barker, Ph.D.<br>Oceanographer<br><br>Emergency Response Division<br>NOAA/NOS/OR&R            (206) 526-6959   voice<br>7600 Sand Point Way NE   (206) 526-6329   fax<br>Seattle, WA  98115       (206) 526-6317   main reception<br><br><a href="mailto:Chris.Barker@noaa.gov" target="_blank">Chris.Barker@noaa.gov</a></div>
</div></div>