Moin moin,<br><br>
<p style="margin-bottom: 0cm" lang="en-US">I'm using the
find_boundaries function for separating labeled regions (separated by
the watershed). Afterward I set the as True returned pixels to 0. 
This works quit well but since my objects (labeled regions) can be
small (couple pixels) and seldom stick together I would like to limit
the find_boundaries to connected regions.<br>Is there a easy way to
only find the boundaries not connected to 0. Or tell the watershed
function to leave a space between separate objects?</p>
<br>Example:<br><font size="1"><span style="font-family: courier new,monospace;">import numpy as np<br>from scipy import ndimage as nd<br>from skimage.segmentation.boundaries import find_boundaries<br>a = np.zeros((15,15))<br>a[4:9,4:9]=1<br>a[6:10,7:12]=2<br>a[1:3,1:3]=3<br>print "a"<br>print a.astype(int)<br>a[find_boundaries(a)]=0<br>print a.astype(int)</span></font><br><br>Output:<br><br>[[0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 1 1 1 2 2 2 2 2 0 0 0]<br> [0 0 0 0 1 1 1 2 2 2 2 2 0 0 0]<br> [0 0 0 0 1 1 1 2 2 2 2 2 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 2 2 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]]<br>After find_boundaries:<br>[[0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 1 1 0 2 2 2 2 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 1 1 0 2 2 2 2 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 2 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]<br> [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]]<br><br>As you can see, the region 3 is almost gone.<br><br>Thanks<br>Siggi<br><br>