[scikit-learn] Accessing Clustering Feature Tree in Birch

Sema Atasever s.atasever at gmail.com
Thu Sep 14 08:51:34 EDT 2017


Dear scikit-learn members,

I have written about this subject before but I have not completely solved
my question.

- How can i *access Clustering Feature Tree* in Birch?

- For example, how many clusters are there in the hierarchy under the *root
node* and what are the data samples in this clusters?

- Can I get them separately for 3 trees?

Best.


*Birch Implementation Code:*

from sklearn.cluster import Birch
from sklearn.externals import joblib
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from time import time
from sklearn.datasets.samples_generator import make_blobs
from sklearn.neighbors import NearestCentroid

X=np.loadtxt(open("C:\dataset.txt", "rb"), delimiter=";")

brc = Birch(branching_factor=50, n_clusters=None,
threshold=0.5,compute_labels=True,copy=True)

brc.fit(X)

birch_predict=brc.predict(X)
print ("\nClustering_result:\n")
print (birch_predict)

np.savetxt('birch_predict_CLASS_0.csv', birch_predict,fmt="%i",
delimiter=',')

myroot = brc.root_

centroids = brc.subcluster_centers_
plt.plot(X[:,0], X[:,1], '+')
plt.plot(centroids[:,0], centroids[:,1], 'o')
plt.show()

labels = brc.subcluster_labels_
n_clusters = np.unique(labels).size
print("n_clusters : %d" % n_clusters + "\n")
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0.008442;0.66962;0.742786;0.12921;0.035335;0.5;0;0.751871;0.164742;0.083387;0.52606;0.426925;0.047015;0.760345;0.051905;0.18775;0.678724;0.181262;0.09258;0.527265;0.708205;0.09418
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0.181262;0.74779;0.666024;0.180252;0.09418;0.047426;0.389599;0.669414;0.167021;0.163565;0.528065;0.409905;0.06203;0.717575;0.076115;0.20631;0.663989;0.155896;0.06787;0.52745;0.72124;0.073745
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