<div dir="ltr">At it's core, Markov clustering is a graph algorithm, it operates on a sparse similarity matrix (essentially, by simulating flow between the data points). This makes it useful for similarity graphs that don't originate from features (i.e. protien-protien interaction networks). Because the graph is based on similarity though, its definitely possible to use it as a data clustering algorithm that takes a similarity metric as an argument. <div><br></div><div>I suppose it could be implemented so that the algorithm could take either a sparse similarity matrix or a set of features as its first argument. This would keep the same structure of the other clustering algorithms, but also allow use with pure similarity graphs. Does this make sense?</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 5, 2016 at 8:57 AM, Andy <span dir="ltr"><<a href="mailto:t3kcit@gmail.com" target="_blank">t3kcit@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
<br>
On 12/05/2016 08:51 AM, Raphael C wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
And...<br>
<br>
  [1] Stijn van Dongen. Graph Clustering by Flow Simulation. PhD<br>
thesis, University of Utrecht, May 2000.<br>
<a href="http://www.library.uu.nl/digiarchief/dip/diss/1895620/inhoud.htm" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.library.uu.nl/digia<wbr>rchief/dip/diss/1895620/inhoud<wbr>.htm</a><br>
<br>
has<br>
<br>
1201 citations.<br>
<br>
I think it's fair to say the method is very widely known and used.<br>
<br>
</blockquote>
Ok cool.<br>
I haven't looked at it, my question is now whether this is more of a "graph clustering"<br>
or a "data clustering" approach, though that distinction is not very clear.<br>
Some of the papers compare it against affinity propagation, which we do have implemented.<br>
<br>
If this algorithm makes sense for knn graphs or similar methods we implemented in SpectralClustering,<br>
then I guess go for it?<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
scikit-learn mailing list<br>
<a href="mailto:scikit-learn@python.org" target="_blank">scikit-learn@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/scikit-learn" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/scikit-learn</a><br>
</blockquote></div><br></div>