Hi guys, you are right. I changed the units and the masses are in solar masses. I enclosed the pickle file. Apparently, the error comes from "Radius" (see below). Why are there only 0 in 'Density' ? Thanks for your help, JC ######################################################################################################### In [127]: filen Out[127]: 'CommonEnvelope0001' In [128]: data Out[128]: CommonEnvelope0001 In [129]: plot_data = R.PlotCollection(data) yt INFO 2010-04-07 12:03:32,415 Created plot collection with default plot-center = [0.4921875, 0.4921875, 0.4921875] In [130]: plot_data.add_profile_sphere(1,'1',["Radius","Density"]) yt INFO 2010-04-07 12:03:52,010 Getting field Radius from 1 yt INFO 2010-04-07 12:03:52,010 Getting field x from 1 yt INFO 2010-04-07 12:03:52,104 Getting field y from 1 yt INFO 2010-04-07 12:03:52,198 Getting field z from 1 yt INFO 2010-04-07 12:03:52,296 Getting field Density from 1 Out[130]: <yt.raven.PlotTypes.Profile1DPlot object at 0x4b16f50> In [131]: data.h.find_max("Density") Out[131]: (107.99709, array([ 0.4921875, 0.4921875, 0.4921875])) In [132]: data.h.find_min("Density") yt.lagos INFO 2010-04-07 12:04:18,813 Min Value is 1.00989e-05 at 0.0078125000000000 0.0078125000000000 0.0078125000000000 in grid EnzoGrid_0001 at level 0 Out[132]: (1.0098941e-05, array([ 0.0078125, 0.0078125, 0.0078125])) In [133]: plot_data.plots[-1].data._data Out[133]: {'Density': array([ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.]), 'Radius': array([ NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, NaN, 1.73205843e+11]), 'UsedBins': array([False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False, False], dtype=bool)} ######################################################################################################### Matthew Turk a écrit :
Hi Jean-Claude,
Those should be solar masses. I wonder if perhaps there's a units problem. After you add your profile but before you save, you can access the data like this:
pc.plots[-1].data
that should be the profile object itself. We can try looking at the raw data itself:
pc.plots[-1].data._data
which should be a dictionary containing all of the fields that belong to the profile. Feel free to pickle this:
import cPickle; cPickle.dump(pc.plots[-1].data._data, open("temp.cpkl","wb"))
and send me and Jeff temp.cpkl off-list. When we resolve the issue we can bring it back on-list.
-Matt
On Wed, Apr 7, 2010 at 11:48 AM, Jean-Claude Passy <jcpassy@gmail.com> wrote:
Hi Jeff,
again, it seems to be working just fine. Strange... The mass units are in Enzo units, right ?
JC
############################################################################################
In [66]: from yt.mods import *
In [67]: fn = 'CommonEnvelope0001'
In [68]: v, c = pf.h.find_max("Density")
In [69]: sp = pf.h.sphere(c, 1.0/pf["mpc"])
In [70]: baryon_mass, particle_mass = sp.quantities["TotalQuantity"]( ["CellMassMsun", "ParticleMassMsun"], lazy_reader=True)
In [72]: print "Total mass in sphere is %0.5e (gas = %0.5e / particles = %0.5e)" % (baryon_mass + particle_mass, baryon_mass, particle_mass)
-------> print("Total mass in sphere is %0.5e (gas = %0.5e / particles = %0.5e)" % (baryon_mass + particle_mass, baryon_mass, particle_mass))
Total mass in sphere is 1.00000e+00 (gas = 9.88705e-01 / particles = 1.12978e-02)
############################################################################################
j s oishi a écrit :
Hi JC,
Strange. Did you try any other quantities? Momenta, energy? Did you try summing the radial profile of the density (there is a recipe: http://yt.enzotools.org/doc/cookbook/recipes.html#sum-mass-in-sphere) to see if there is a problem with the radial profile?
j
On Wed, Apr 7, 2010 at 8:56 AM, Jean-Claude Passy <jcpassy@gmail.com> wrote:
Hi Jeff,
it does not seem there is any corrupt density. Any idea ?
JC
########################################################################################################################
In [78]: data.h.find_max("Density")
Out[78]: (107.99709, array([ 0.4921875, 0.4921875, 0.4921875]))
In [79]: data.h.find_min("Density")
yt.lagos INFO 2010-04-07 08:43:12,716 Min Value is 1.00989e-05 at 0.0078125000000000 0.0078125000000000 0.0078125000000000 in grid EnzoGrid_0001 at level 0
Out[79]: (1.0098941e-05, array([ 0.0078125, 0.0078125, 0.0078125]))
#########################################################################################################################
j s oishi a écrit :
Hi JC,
Since the error is on the y-axis, maybe you have a zero or infinite density somewhere in the grid. Could you try doing
data.h.find_max("Density") data.h.find_min("Density")
to see if you have any corrupt densities ( <=0 or inf) on your grid?
j
On Tue, Apr 6, 2010 at 4:14 PM, Matthew Turk <matthewturk@gmail.com> wrote:
Hi Jean-Claude,
Does the error go away if you supply x_bounds=(1e-30, 1.0) to the add_profile_sphere call? If so, perhaps we just need a better mechanism for guessing the center for calculating radius in the plot collection object.
-Matt
On Apr 6, 2010, at 4:13 PM, Jean-Claude Passy <jcpassy@gmail.com> wrote:
Dear all,
I get the following error when trying to plot a radial profile of the density. Does anyone have an idea how to solve this ?
Thanks a lot,
Jean-Claude
#####################################################################################################################
In [42]: ls
CommonEnvelope0001 CommonEnvelope0001.configure CommonEnvelope0001.harrays CommonEnvelope0001.taskmap0000
CommonEnvelope0001.boundary CommonEnvelope0001.cpu0000 CommonEnvelope0001.hierarchy CommonEnvelope0001.taskmap0001
CommonEnvelope0001.boundary.hdf CommonEnvelope0001.cpu0001 CommonEnvelope0001.memorymap CommonEnvelope0001.yt
In [43]: import yt.raven as R
In [44]: import yt.lagos as L
In [45]: filen = 'CommonEnvelope0001'
In [46]: data = L.EnzoStaticOutput(filen)
In [47]: plot_data = R.PlotCollection(data)
yt INFO 2010-04-06 15:39:02,963 Created plot collection with default plot-center = [0.4921875, 0.4921875, 0.4921875]
In [48]: plot_data.add_profile_sphere(0.5,'1',["Radius", "Density"])
yt INFO 2010-04-06 15:39:56,695 Getting field Radius from 1
yt INFO 2010-04-06 15:39:56,696 Getting field x from 1
yt INFO 2010-04-06 15:39:56,857 Getting field y from 1
yt INFO 2010-04-06 15:39:56,919 Getting field z from 1
yt INFO 2010-04-06 15:39:56,987 Getting field Density from 1
Out[48]: <yt.raven.PlotTypes.Profile1DPlot object at 0x3724d90>
In [49]: plot_data.save('DensityProfile', format = 'png')
---------------------------------------------------------------------------
OverflowError Traceback (most recent call last)
/rpod2/jcpassy/Enzo/enzo/src/yt/scripts/iyt in <module>()
----> 1 2 3 4 5 /rpod2/jcpassy/Enzo/enzo/src/yt/yt/raven/PlotCollection.pyc in save(self, basename, format, override, force_save)
79 fn.append(plot.save_image(basename, \
80 format=format, submit=self._run_id,
---> 81 override=override, force_save=force_save))
82 if self.submit:
83 im = plot.im.copy()
/rpod2/jcpassy/Enzo/enzo/src/yt/yt/raven/PlotTypes.pyc in save_image(self, prefix, format, submit, override, force_save)
110 *override* will force no filename generation beyond the prefix.
111 """
--> 112 self._redraw_image()
113 if not override:
114 self._generate_prefix(prefix)
/rpod2/jcpassy/Enzo/enzo/src/yt/yt/raven/PlotTypes.pyc in _redraw_image(self)
711 func(self.data[self.fields[0]][indices],
712 self.data[self.fields[1]][indices],
--> 713 **self.plot_options)
714 self._autoset_label(self.fields[0], self.set_x_label, 'x')
715 self._autoset_label(self.fields[1], self.set_y_label, 'y')
/rpod2/jcpassy/yt-x86_64/lib/python2.6/site-packages/matplotlib/axes.pyc in loglog(self, *args, **kwargs)
3566 b = self._hold
3567 self._hold = True # we've already processed the hold
-> 3568 l = self.plot(*args, **kwargs)
3569 self._hold = b # restore the hold
3570 /rpod2/jcpassy/yt-x86_64/lib/python2.6/site-packages/matplotlib/axes.pyc in plot(self, *args, **kwargs)
3435 3436 -> 3437 self.autoscale_view(scalex=scalex, scaley=scaley)
3438 return lines
3439 /rpod2/jcpassy/yt-x86_64/lib/python2.6/site-packages/matplotlib/axes.pyc in autoscale_view(self, tight, scalex, scaley)
1625 self.set_xbound(XL)
1626 if scaley and self._autoscaleYon:
-> 1627 YL = self.yaxis.get_major_locator().view_limits(y0, y1)
1628 self.set_ybound(YL)
1629 /rpod2/jcpassy/yt-x86_64/lib/python2.6/site-packages/matplotlib/ticker.pyc in view_limits(self, vmin, vmax)
1117 vmin = minpos
1118 -> 1119 if not is_decade(vmin,self._base): vmin = decade_down(vmin,self._base)
1120 if not is_decade(vmax,self._base): vmax = decade_up(vmax,self._base)
1121 /rpod2/jcpassy/yt-x86_64/lib/python2.6/site-packages/matplotlib/ticker.pyc in is_decade(x, base)
1028 def is_decade(x,base=10):
1029 lx = math.log(x)/math.log(base)
-> 1030 return lx==int(lx)
1031 1032 class LogLocator(Locator):
OverflowError: cannot convert float infinity to integer
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